张楠 发表于 2016-7-9 20:42:58

gromacs-4.6.5安装

本帖最后由 张楠 于 2016-8-18 16:31 编辑

1.cmake安装（gromacs4.6以上版本安装需cmake2.8.8以上版本）
(创建文件夹opt)
1）解压文件：tar -zxvf cmake-3.1.3.tar.gz
2)cd cmake-3.1.3
3)./bootstrap
4)make
5)设置默认安装路径(无user安装权限下）：./configure --prefix=$HOME/opt/cmake
6)make install
7)设置环境变量：cd
                     vi .bash_profile
      (键入i输入）PATH=$HOME/opt/cmake/bin:$PATH
                     export PATH      
      (ESC :wq退出并保存）
2openmpi安装
1）tar -zxvf openmpi-1.8.7.tar.gz
2)cd openmpi-1.8.7
3)./configure --prefix=$HOME/opt/openmpi
4)make
5)make install
6)cd
vi .bash_profile
(键入i)PATH=$HOME/opt/openmpi/bin:$PATH
(在export PATH 下）
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/opt/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
（esc:wq退出并保存）
3fftw(3以上版本）
1)tar -zxvf fftw-3.3.4.tar.gz
2)cd fftw-3.3.4
3)./configure --prefix=$HOME/opt/fftw --enable-shared --enable-sse24)make
5)make install
6)cd
7)vi .bash_profile
（键入i）
PATH=$HOME/opt/fftw/lib:$PATH
(在export PATH 下）
export FFTW_LIBRARY_PATH=$HOME/opt/fftw/lib
（esc:wq退出并保存）
4gromacs-4.6.5双精度并行版本
tar -zxvf gromacs-4.6.5.tar.gz
cd gromacs-4.6.5
创建一个目录build
cd build
CMAKE_PREFIX_PATH=$HOME/opt/fftw:$HOME/opt/openmpi CC=icc FC=ifort F77=ifort CXX=icpc LDFLAGS="-limf -lm" cmake .. -DGMX_MPI=ON -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF-DGMX_BINARY_SUFFIX="_mpid" -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/opt/gromacs
make
make install
cd
vi .bash_profile
PATH=$HOME/opt/gromacs/bin:$PATH
export PATH=$HOME/opt/gromacs/bin:$PATH
esc:wq注：设置完环境变量后需退出后重新进入shell生效



张楠 发表于 2016-7-9 20:48:11

笑脸处是：$

zhanpan 发表于 2016-7-20 14:08:36

谢谢LZ分享:D

abner 发表于 2016-9-15 14:35:34

lz能留下qq吗，我还是装不上:L

张楠 发表于 2016-9-18 23:05:24

abner 发表于 2016-9-15 14:35
lz能留下qq吗，我还是装不上

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