果冻布丁 发表于 2016-5-22 11:45:10

如何用VMD解决原子位置重叠？？？

之前在某个帖子看到过用VMD可以输入命令能够实现。找不到了那个帖子了。
如果能用VMD解决原子重叠，是不是可以加快能量最小化的进程。特别是构建好的全原子模型，能量最小化这一步还是比较费劲的。求大神解答！！

川大-灰太狼 发表于 2016-5-24 15:00:16

不是很明白你想表达的意思。为什么要做原子重叠？ 能量最小化又是哪一个步骤里面的，你是想做分子动力学吗？
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