junezone 发表于 2016-4-29 02:29:03

用同样的参数文件，为什么每次gromacs跑出来的轨迹都不一样

而且有时相差很大啊。跑了很多次，得到的轨迹经初步的质量检查都不理想，是不是参数文件不对？
我用同样的参数文件跑跑一个蛋白的两种不同配体的体系，第一个体系得到的轨迹很好，第二个跑了好几次了，轨迹都不好，而且相差比较大，这是为什么呢，该怎么解决？
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