cyk123 发表于 2016-4-20 14:59:44

Autodock对接问题

1.请问大家dlg文件中的RMSD from reference structure=1.05，原配体，是表示对接成功了吗？
2.得到的。dpf文件哪部分是配体，哪部分是蛋白的
3.在盒子准备中，是用配体的原子类型来设置盒子中的原子类型，那配体到底参与了盒子的计算了吗

juan_juanli 发表于 2016-4-21 17:10:50

是的，原配体的RMSD

川大-灰太狼 发表于 2016-4-26 20:19:13

Re：1、对接是否成功，不是靠dlg文件中的RMSD来评判，不过如果这个RMSD值真的是与原始配体做的比较，那么2.5埃内的都算是合理的。

川大-灰太狼 发表于 2016-4-26 20:21:02

2、得到的dpf文件，是结果文件，里面主要是包含了配体信息。3、盒子使用的原子类型是用的配体的原子类型来进行定义的。

cyk123 发表于 2016-4-27 21:00:13

川大-灰太狼 发表于 2016-4-26 20:21
2、得到的dpf文件，是结果文件，里面主要是包含了配体信息。3、盒子使用的原子类型是用的配体的原子类型来 ...

哇。。谢谢啊，明白啦~最近一直在学习这个

cyk123 发表于 2016-4-27 21:00:45

juan_juanli 发表于 2016-4-21 17:10
是的，原配体的RMSD

哦。。谢谢你啦
页: [1]
查看完整版本: Autodock对接问题