花火 发表于 2015-12-15 15:32:08

求助：gromacs 5.0中solvate命令的问题

最近做一个环己烷为溶剂的体系，参考tutorial，我用下面的命令来溶解（已在目录下放入环己烷的两个文件chx.gro和chx.itp）：solvate -cp 702_newbox.gro -cs chx.gro -o 702_solv.gro -p topol.top

但是程序却报错：Cannot open PDB file water.pdb

可是，我的体系从头到尾都和水没关系啊orz……求大神帮我解惑

PS: 在溶解之前的两部命令如下：
pdb2gmx -f 702.pdb -o 702_processed.gro -ignh
editconf -f 702_processed.gro -o 702_newbox.gro -c -d 2 -bt cubic -pbc


XYwinne 发表于 2015-12-26 13:28:45

我没用过5的，但是你不用水作溶剂就不应该用这个命令，我记得应该是“insert”什么的一个命令，你再看看手册。
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