gromacs配体力场电荷的问题
本帖最后由 kangsgo 于 2015-11-13 00:51 编辑我先教程在线服务器PRODRG 2.5的方法建立的力场电荷文件如下（感谢李继存老师和bioms群里的兄弟姐妹的指导）：
; nr typeresnr residatomcgnr charge mass
1 CH2 1EVO CAF 1 0.00013.0190
2 C 1EVO CAE 2 0.02312.0110
3 NR 1EVO NAC 2 0.04314.0067
4 H 1EVO HAC 2 -0.066 1.0080
5 C 1EVO CAI 3 0.11612.0110
6 CR1 1EVO CAP 3 -0.02212.0110
7 HC 1EVO HAR 3 0.011 1.0080
8 CR1 1EVO CAU 3 -0.02212.0110
9 HC 1EVO HAY 3 0.011 1.0080
10 CR1 1EVO CAT 3 -0.02212.0110
11 HC 1EVO HAX 3 0.011 1.0080
12 CR1 1EVO CAO 3 -0.02212.0110
13 HC 1EVO HAQ 3 0.011 1.0080
14 C 1EVO CAH 3 -0.03612.0110
15 C 1EVO CAG 3 -0.03612.0110
16 CH2 1EVO CAM 4 0.11314.0270
17 CH1 1EVO CAN 4 0.11214.0270
18 NL 1EVO NAB 4 0.77314.0067
19 OA 1EVO OAA 4 -0.16015.9994
20 CH2 1EVO CAJ 4 0.16213.0190
21 C 1EVO CAL 5 -0.01612.0110
22 CR1 1EVO CAR 5 -0.00912.0110
23 HC 1EVO HAT 5 0.025 1.0080
24 CR1 1EVO CAW 6 -0.01512.0110
25 HC 1EVO HA0 6 0.015 1.0080
26 CR1 1EVO CAV 6 -0.01512.0110
27 HC 1EVO HAZ 6 0.015 1.0080
28 CR1 1EVO CAQ 7 -0.01612.0110
29 HC 1EVO HAS 7 0.013 1.0080
30 C 1EVO CAK 7 0.14512.0110
31 NL 1EVO NAD 7 -0.23614.0067
32 CH3 1EVO CAS 7 0.09415.0350
群里和教程说这个做出来不准，用ATB较好，于是我用它做了一个，如下（感谢atom和飞天的指导）：
[ atoms ]
;nrtyperesnrresidatomcgnrcharge mass total_charge
1 HC 1 SDSG H13 1 0.089 1.0080
2 C 1 SDSG C15 1 -0.12712.0110
3 HC 1 SDSG H11 1 0.089 1.0080
4 HC 1 SDSG H12 1 0.089 1.0080 ;0.140
5 NT 1 SDSG N3 2 -0.53014.0067
6 C 1 SDSG C2 2 0.71012.0110
7 HC 1 SDSG H2 2 0.035 1.0080
8 C 1 SDSG C1 2 -0.23912.0110
9 NT 1 SDSG N2 2 -0.43714.0067
10HS14 1 SDSG H1 2 0.364 1.0080
11 C 1 SDSG C3 2 0.09712.0110 ; -0.000
12 C 1 SDSG C5 3 0.30912.0110
13 C 1 SDSG C4 3 -0.12212.0110
14 C 1 SDSG C12 3 -0.37212.0110
15 HC 1 SDSG H8 3 0.185 1.0080 ;0.000
16 C 1 SDSG C11 4 -0.13912.0110
17 HC 1 SDSG H7 4 0.139 1.0080 ;0.000
18 C 1 SDSG C16 5 -0.22312.0110
19 HC 1 SDSG H14 5 0.171 1.0080
20 C 1 SDSG C17 5 -0.06812.0110
21 HC 1 SDSG H15 5 0.120 1.0080 ;0.000
22 C 1 SDSG C7 6 0.55212.0110
23 C 1 SDSG C8 6 -0.35512.0110
24 C 1 SDSG C13 6 -0.38312.0110
25 HC 1 SDSG H9 6 0.186 1.0080 ;0.000
26 C 1 SDSG C14 7 -0.02312.0110
27 HC 1 SDSG H10 7 0.109 1.0080
28 C 1 SDSG C19 7 -0.21612.0110
29 HC 1 SDSG H17 7 0.130 1.0080 ;0.000
30 C 1 SDSG C18 8 -0.01212.0110
31 HC 1 SDSG H16 8 0.149 1.0080 ;0.137
32 NT 1 SDSG N1 9 -0.56014.0067
33 C 1 SDSG C6 9 0.70412.0110
34 O 1 SDSG O1 9 -0.58915.9994
35 C 1 SDSG C10 9 -0.01912.0110
36 HC 1 SDSG H5 9 0.079 1.0080
37 HC 1 SDSG H6 9 0.108 1.0080 ; -0.277
38 C 1 SDSG C9 10 -0.18812.0110
39 HC 1 SDSG H3 10 0.096 1.0080
40 HC 1 SDSG H4 10 0.092 1.0080 ;0.000
; total charge of the molecule:-0.000
但是它为何有两个的原子数都不相同·····所以我又用gaussian和ambertools做了一下（感谢宇后春来和李继存老师的指点）resp，电荷如下：
1DUMMDU M 0-1-2 0.000 .0 .0 .00000
2DUMMDU M 1 0-1 1.449 .0 .0 .00000
3DUMMDU M 2 1 0 1.523 111.21 .0 .00000
4C18 ca M 3 2 1 1.540 111.208-180.000 -0.055157
5C19 ca B 4 3 2 1.386 85.241 142.707 -0.250863
6C14 ca B 5 4 3 1.382 118.685 127.363 -0.013132
7C8 ca S 6 5 4 1.388 120.843 0.144 -0.295655
8C6 c S 7 6 5 1.484 118.878-177.8810.775848
9O1 o E 8 7 6 1.202 122.075 1.441 -0.589377
10H10 ha E 6 5 4 1.073 121.147-179.1330.138140
11H17 ha E 5 4 3 1.075 120.678 -52.3610.151555
12H16 ha E 4 3 2 1.076 61.050 14.7000.143398
13C13 ca M 4 3 2 1.383 124.432 -92.009 -0.348872
14H9 ha E 13 4 3 1.072 119.445 73.2430.169709
15C7 ca M 13 4 3 1.397 119.914-107.3150.407232
16N3 nh M 1513 4 1.380 122.608 178.980 -0.314454
17C15 c3 3 161513 1.443 121.147 -10.183 -0.164667
18H11 h1 E 171615 1.081 109.161-168.2630.088033
19H12 h1 E 171615 1.083 110.363 -49.7020.088033
20H13 h1 E 171615 1.089 113.402 71.4360.088033
21C2 c3 M 161513 1.440 119.011 159.8690.137290
22H2 h2 E 211615 1.083 106.205 157.1520.153836
23N1 n M 211615 1.454 111.980 41.122 -0.499094
24C10 c3 M 232116 1.462 112.625 176.3920.087076
25H5 h1 E 242321 1.085 107.153 -53.0560.061913
26H6 h1 E 242321 1.077 108.409-169.6580.061913
27C9 c3 M 242321 1.537 111.448 67.415 -0.224694
28H3 hc E 272423 1.087 109.239-162.3050.111802
29H4 hc E 272423 1.086 109.717 80.8400.111802
30C3 cd M 272423 1.505 109.472 -40.598 -0.034776
31C1 cc M 302724 1.347 123.077 10.7170.145019
32N2 na M 313027 1.378 110.755-177.270 -0.671235
33H1 hn E 323130 0.993 124.025-160.9620.437444
34C5 ca M 323130 1.377 107.985 -3.5700.344809
35C4 ca M 343231 1.401 108.072 3.182 -0.053032
36C11 ca M 353432 1.397 119.313 178.515 -0.134838
37H7 ha E 363534 1.075 120.594-179.6230.143002
38C16 ca M 363534 1.377 118.987 0.732 -0.233578
39H14 ha E 383635 1.076 119.885 179.7560.152162
40C17 ca M 383635 1.402 120.836 -0.091 -0.098966
41H15 ha E 403836 1.075 119.352 179.8290.139658
42C12 ca M 403836 1.377 121.238 -0.370 -0.326357
43H8 ha E 424038 1.076 121.084-179.6490.171039
所以我有点迷茫了···我应该如何将其后面生成的电荷给转入进去呀？
你在个问题几年前已经被群里的大神完美解决了，http://blog.sina.cn/dpool/blog/s/blog_6ae686e701011of3.html 你好！我最近也在学习这个问题，想问一下，如果这个配体的电荷不准确，对后面的结果有什么样的影响？ 本帖最后由 kangsgo 于 2015-11-12 12:41 编辑
tbw258 发表于 2015-11-12 09:59
你在个问题几年前已经被群里的大神完美解决了，http://blog.sina.cn/dpool/blog/s/blog_6ae686e701011of3.h ...
谢谢。好像可以了
tbw258 发表于 2015-11-11 23:04
你在个问题几年前已经被群里的大神完美解决了，http://blog.sina.cn/dpool/blog/s/blog_6ae686e701011of3.h ...
不可以再使用gromacs的力场了么 wcyang 发表于 2015-11-12 09:25
你好！我最近也在学习这个问题，想问一下，如果这个配体的电荷不准确，对后面的结果有什么样的影响？ ...
小木虫上有人说影响非常大
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