/rose水水 发表于 2015-10-27 13:19:26

如何应用gromacs计算不同温度下的蛋白平衡构象？

请教一下，如何应用gromacs计算不同温度下的蛋白平衡构象？需要改变哪些参数？谢谢！

greatzdl 发表于 2015-10-27 13:56:18

两种解决思路，一种是按照常规思路，分别跑不同温度下的体系。这个不用多说了吧。如果升温快担心产生不合理结构，可以在缓慢升温。我记得本论坛的管理员曾经写过策略。可以搜索一下。
另外就是REMD的思维，只是不需要副本交换而已，也就是REMD的平衡时期，详见gromacs官网。
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