桂理工-gypsy 发表于 2012-11-22 15:26:38

PRODRG生成的小分子文件如何修改?

PRODRG生成的小分子的gro文件中:

但是在itp文件中却显示:

把CH3作为一个整体了,所以在动力学模拟溶剂的时候出现少了几个原子,导致top文件和solv.gro文件不符合.
请问该怎么修改呢?

zhangyforever 发表于 2012-11-25 14:28:47

你自己都不清楚，用啥立场，prodrg 是联合立场，如果考虑全原子立场，为啥还要用prodrg生成；如果想要prodrg,就是把所有重原子集中在C上

桂理工-gypsy 发表于 2012-11-26 12:23:31

你说得对，我使用的就是联合力场，我研究发现可以用prodrg，只是用错文件了。之前是用DRGFIN.GRO作为小分子gro文件，应该是用DRGAPH.GRO作为小分子gro文件，这样数目就对了。
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