无言执隐 发表于 2015-9-16 20:35:42

Autodock对接结果分析

请教各位：
      Autodock运行后进行结果分析，其中的疏水作用力怎么分析怎么看？
分析对接相互作用时我是用Analyze-ineraction分析的，里面有氢键等都可以知道，可是不知道疏水力的在哪里？
   谢谢啊！

川大-灰太狼 发表于 2015-9-17 22:24:28

疏水一般来说可以目测分析，如果要图示可以借用Chimera，或者ligplus来作图。二者皆免费！

无言执隐 发表于 2015-9-18 09:59:02

川大-灰太狼 发表于 2015-9-17 22:24
疏水一般来说可以目测分析，如果要图示可以借用Chimera，或者ligplus来作图。二者皆免费！ ...

谢谢！嗯， 我是在文献上看到有用疏水表面表示的（如图），但文献上一般没详细说这类问题。

另外想问一下Autodock如何存储含有配体的PDB文件（像用sybyl可以用edit-merge合并大分子和配体，那样得到的PDB就可以用ligplus打开分析）。

川大-灰太狼 发表于 2015-9-18 21:01:23

无言执隐 发表于 2015-9-18 09:59
谢谢！嗯， 我是在文献上看到有用疏水表面表示的（如图），但文献上一般没详细说这类问题。

另外想问一 ...

这个图是用sybyl做的疏水表面图，你可以用免费的chimera得到类似的图。
另外，Autodock结果查看的时候有保存为复合物，就可以得到pdb复合物，然后打开复合物再另存为pdb，基本就可以了。论坛里面以前有讨论，可以查看下帖子。

无言执隐 发表于 2015-9-20 11:46:07

川大-灰太狼 发表于 2015-9-18 21:01
这个图是用sybyl做的疏水表面图，你可以用免费的chimera得到类似的图。
另外，Autodock结果查看的时候有 ...

好的。谢谢！
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