有效提取 发表于 2015-9-12 22:49:20

各位前辈，从RCSB下载的pdb文件有问题，正常吗？

请教： 我从RCSB下载的蛋白质和配体的pdb文件，拆分后，autodock或DS 2.5对接，因autodock的binding energy 粗略，就用对接后的pdb，
用DS 结合能（TOOLS---Simulation ---Forcefield， Protocols---Simulation---Solvation ；1 不加限制能量最小化 ，2 加限制能量最小化
拆分结果（Protein， Ligand）Protocols---Receptor-LigandInteraction----Calculate Binding Energy ），计算最后会出错，师兄们判断说下载的蛋白质结构的问题，需要以下载的结构为模板，同源建模。弱弱问下： 为什么下载的蛋白质结构会出错呐？


过了两天，又发现大问题了， 原pdb拆分的配体居然也少了两个氧，我要醉了，哪位帮帮我？
以往配体都是自己画后，能量最小化，这次发生计算Calculate Binding Energy，生怕自己画错了，就想在原始配体上改，没想到一个氨基酸上的羧基，变成了甲基（以往从没检查过）。搞得一点信心都没了。

lrf1980 发表于 2015-9-13 20:59:05

请将下载好的pdb文件打开，阅读以下remark这一段，里面包含很多有用的信息，你如果在pdb.org网站上，也可以看到一个链接，详细介绍pdb文件格式。
下下面这段，是在一个pdb蛋白质文件里摘录出来的。
REMARK   2                                                                     
REMARK   2 RESOLUTION.    2.01 ANGSTROMS.                                       
REMARK   3                                                                     
REMARK   3 REFINEMENT.                                                         
REMARK   3   PROGRAM   : BUSTER 2.9.7                                       
REMARK   3   AUTHORS   : BRICOGNE,BLANC,BRANDL,FLENSBURG,KELLER,            
REMARK   3               : PACIOREK,ROVERSI,SHARFF,SMART,VONRHEIN,            
REMARK   3               : WOMACK,MATTHEWS,TEN EYCK,TRONRUD                     
REMARK   3                                                                     
REMARK   3DATA USED IN REFINEMENT.                                          
REMARK   3   RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 2.01                           
REMARK   3   RESOLUTION RANGE LOW(ANGSTROMS) : 40.46                        
REMARK   3   DATA CUTOFF            (SIGMA(F)) : 0.000                        
REMARK   3   COMPLETENESS FOR RANGE      (%) : 98.8                           
REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS             : 19599

completeness for range 98.8%。不是100%。

greatzdl 发表于 2015-9-14 09:35:32

本帖最后由 greatzdl 于 2015-9-14 11:23 编辑

从PDB网站上直接下载的结构是不可以盲目直接使用的，虽然像软件ds或者moe或者薛定谔，会进行一下处理，包括补充缺失原子，加氢，调整一些原子之间的距离。而且这些处理往往是仅仅对于蛋白质氨基酸残基而言，
很少会涉及配体，因此这种处理是远远不够，也并不能确定涵盖解决你所用pdb的所有问题。所以，你是需要去判断的，是否结构中有残基或者配体缺失原子，多个构象，有非标准氨基酸残基，残基是否含有不标准
的原子名称，是否pdb中SEQRES部分中信息与结构对应，是否有金属等等一系列的问题。
2楼的陈述和建议非常好。
如何解决这些问题呢？
可以尝试使用上述软件纠错的功能，但软件不是万能的，因此自己的判断非常的重要。

川大-灰太狼 发表于 2015-9-17 22:17:19

注意在计算的时候都要仔细检查结构，还有蛋白质的质子化情况，这些都很重要。不要盲目相信软件的处理！
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