春江花月夜1 发表于 2015-9-5 16:51:51

mmpbsa bad atom type : i

我在计算MMPBSA.py的时候，输入指令"MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -sp comp_wat.prmtop -cp comp.prmtop -rp res.prmtop -lp ligand.prmtop -y md1.mdcrd"，然后显示的是
"
staring gb calculation...
bad atom type:i
calculating receptor contribution...
calculationg complex contribution...
bad atom type:i
"

我的mmpbsa.in文件是:
"Input file for running PB and GB
&general
   startframe=34, endframe=50, interval=1, verbose=1,
/
&gb
igb=5, saltcon=0.100

&pb
istrng=0.100,
/
#&nmode
#maxcyc=50000,
   
    这个体系是蛋白和小分子复合物，小分子里面有碘原子，应该是碘原子类型pbsa不识别呢？。我该修改什么amber里面的文件，才能让我的MMPBSA.py走通呢？已经困扰了好久，算不了有碘分子的能量。特向大家求助！

春江花月夜1 发表于 2015-9-5 17:01:50

新人自己顶一个，希望大神来帮助，感激不尽！{:soso_e100:}

greatzdl 发表于 2015-9-9 10:10:36

本帖最后由 greatzdl 于 2015-9-9 10:12 编辑

ambertools1.5（2011）已经修正了I的参数，因此新版本的ambertools肯定是可以识别的，请升级版本。http://ambermd.org/bugfixesat.html

春江花月夜1 发表于 2015-9-9 15:28:42

谢谢楼上，我试试看哈
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