无言执隐 发表于 2015-7-13 11:34:31

GROMACS跑MD出现问题

请问各位大神有没有知道原因的。
MD模拟中出现：warning1: file md.mdp;line 47
                                  unknow left-hand 'nstxout-compressed' in parameter file
                     warning2: file md.mdp;line 47
                                  unknow left-hand 'compressed-x-grps' in parameter file
（检查了我的md.mdp文件，其中是有nstxout-compressed和compressed-x-grps的，不知道是哪里出现的问题）
跑完MD后没有生成md.xtc文件。

lrf1980 发表于 2015-7-14 07:00:34

没怎么用过gromacs，不过这里只是警告信息，并不是错误信息，按照amber的情况来看，如果从先warning信息的话，还是可以正常的跑动力学。是不是其他的问题？有没有检查一下其它的设置和步骤？

无言执隐 发表于 2015-7-14 09:31:18

lrf1980 发表于 2015-7-14 07:00
没怎么用过gromacs，不过这里只是警告信息，并不是错误信息，按照amber的情况来看，如果从先warning信息的 ...

谢谢啊！    一般有warning的话可以用加上（-maxwarn n ）进行模拟。。。。重新检查然后做了两三遍发现问题一样，可能是分子物质有问题，我得再看看。:L但是感觉没有方向。。。

lrf1980 发表于 2015-7-14 14:12:52

无言执隐 发表于 2015-7-14 09:31
谢谢啊！    一般有warning的话可以用加上（-maxwarn n ）进行模拟。。。。重新检查然后做了两三遍发现问 ...

http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#Unknown_left-hand_XXXX_in_parameter_file
似乎和你的warning一样。

hermes0220 发表于 2015-7-30 20:51:11

我也碰到这问题了，也没有解决，而且生不成文件。你解决了吗？

大兵先生 发表于 2015-9-19 21:08:26

同样问题，不知道楼主解决了没有

大兵先生 发表于 2015-9-19 21:09:28

我也遇到同样问题，不知道楼主解决了没有

tp1039 发表于 2015-9-20 10:09:20

意思是说，无法识别mdp文件中‘nstxout-compressed’和‘compressed-x-grps’这两个选项。大概是你的mdp文件的跟gromacs程序版本不一致，4.5的4.6的和5.0的gromacsmdp参数名称有变化的，可能有不兼容的情况，自己好好去看各不同版本的manual吧，把参数选项改过来

无言执隐 发表于 2015-9-20 11:50:06

tp1039 发表于 2015-9-20 10:09
意思是说，无法识别mdp文件中‘nstxout-compressed’和‘compressed-x-grps’这两个选项。大概是你的mdp文 ...

谢谢啦！我想应该也是这个原因吧，后来我用5.0版本的算就可以了。至于改参数这个我还得再好好看看。

无言执隐 发表于 2015-9-20 11:53:35

大兵先生 发表于 2015-9-19 21:09
我也遇到同样问题，不知道楼主解决了没有

我后来是用了5.0的做模拟，不过想应该是这个原因
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