medlin 发表于 2015-7-7 14:55:26

求助：用MMGBSA怎么计算DNA的自由能？

我之前计算蛋白质配体复合物用的命令是：$AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa_gb.in -o mol.dat -sp mol_1.top -cp molcom-vac.prmtop -rp molrec-vac.prmtop -lp mollig-vac.prmtop -y mol_md.dcd > mol_md.log &
现在要做DNA的，命令应该怎么修改啊？谢谢了~
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