无言执隐 发表于 2015-6-9 15:09:13

Autodock对接问题

向大家请教2个问题：
我用的是HSA的PDB文件，1.如何将其去除配体。
2.如何在ADT中使用最陡下降法进行运算处理。

川大-灰太狼 发表于 2015-6-11 10:06:26

1、不建议在Autodock中去除配体等，操作较麻烦，建议使用chimera、pymol这样的做蛋白的预处理。
2、ADT中没有最陡下降法，这个是结构优化的分子力学方法，可以使用其他软件完成。

墨竹晓风 发表于 2015-6-11 16:05:51

1，使用chimera选中ligand，删除即可。2，用最陡下降法你想做什么？

无言执隐 发表于 2015-6-12 16:27:40

川大-灰太狼 发表于 2015-6-11 10:06
1、不建议在Autodock中去除配体等，操作较麻烦，建议使用chimera、pymol这样的做蛋白的预处理。
2、ADT中没 ...

谢谢川大-灰太狼！之前一直用的是sybyl来进行对接的，里面就可以直接去配体和其他，也可以用Des Ste能量最小化分子等，最近用Autodock就发现有些问题摸不清楚。嗯，我再去尝试做做看，谢谢！:D

无言执隐 发表于 2015-6-12 16:31:08

墨竹晓风 发表于 2015-6-11 16:05
1，使用chimera选中ligand，删除即可。2，用最陡下降法你想做什么？

谢谢！用最陡下降法可以根据能量找对接哪里要好一点，这个我也不算太清楚，不过文献说可以用这个，就试着做了，其实效果应该还是可以的。

川大-灰太狼 发表于 2015-6-14 23:32:22

无言执隐 发表于 2015-6-12 16:31
谢谢！用最陡下降法可以根据能量找对接哪里要好一点，这个我也不算太清楚，不过文献说可以用这个，就试着 ...

据我了解，最陡下降法是用来做分子的能量优化的，可以用来找对接哪里要好一点吗？类似于找活性位点？

无言执隐 发表于 2015-6-15 09:10:01

川大-灰太狼 发表于 2015-6-14 23:32
据我了解，最陡下降法是用来做分子的能量优化的，可以用来找对接哪里要好一点吗？类似于找活性位点？ ...

嗯，这个确实是做能量优化的。至于找活性位点这问题，师兄给我们大略说了下，直觉应该是可以的，不过目前还在探索中，所以想尝试尝试。
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