Ryan 发表于 2015-5-7 09:43:00

Pymol中显示手性原子构型出错，求助，谢谢

Linux版本，想在pymol中选中手性原子标记R/S构型，label stereochemistry时显示不出来，报错：InitializeMMLibs() Error:mmct_initialize() failed ok=-4
ObjectMoleculeUpdateMMStereoInfoForState: can't initialize mmlibs





川大-灰太狼 发表于 2015-5-8 15:50:10

pymol中可以标记R/S吗？我没有见过你说的这个命令呢，是否是需要什么插件？

Ryan 发表于 2015-5-11 16:52:27

本帖最后由 Ryan 于 2015-5-11 16:56 编辑

川大-灰太狼 发表于 2015-5-8 15:50
pymol中可以标记R/S吗？我没有见过你说的这个命令呢，是否是需要什么插件？ ...
可以标记的，命令应该是label sele, stereo
现在就是这出问题，不知道怎么回事，不知道这个mmlibs有什么关系，提示InitializeMMLibs() Error

川大-灰太狼 发表于 2015-5-11 23:54:41

Ryan 发表于 2015-5-11 16:52
可以标记的，命令应该是label sele, stereo
现在就是这出问题，不知道怎么回事，不知道这个mmlibs有什么关 ...
嗯，有多学习到了一个技巧：）可以看看这个。


PYMOL STEREOCHEMISTRY
      PyMOL can label chiral centers; however, due to the recursive and dependent nature of the determination, PyMOL will refuse to label structures with alternate coordinates.
      To determine stereochemistry for a structure that has alternate coordinates, you either need to clear the alternate coordinates field in the target object using:               alter objName, alt=''
   or you need to create a new object from the old object selecting just one set of coordinates per atom.For example, to create a new object called 'newObj' from 'oldObj' using the only those
   atoms with no alternate coordinates or those atoms with an alternate coordinate label 'A' one types:
               create newObj, oldObj and alt ''+alt 'A'
      Similarly, to create an object from just alternate coordinates 'G' one types:
                create newObj, oldObj and alt 'G'
      PyMOL labels chiral centers using the IUPAC symbols 'R' for rectus, 'S' for sinister, 'r' for pseudoasymmetric rectus and 's' for pseudoasymmetric sinister.

Ryan 发表于 2015-5-12 09:46:43

川大-灰太狼 发表于 2015-5-11 23:54
嗯，有多学习到了一个技巧：）可以看看这个。




谢谢，这个我之前试过，一开始我也以为是alternative coordinates造成的，但是还是不行，报错同样还是mmlibs
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