hermes0220 发表于 2015-4-17 10:28:51

autodock 或vina如何对接一个酶蛋白和一个小分子？

我之前在PDB上下载一个1MZS.pdb，是一个化合物669与脂肪酸合成酶FabH的晶体学结构，但是我想用669小分子和其他脂肪酸合成酶对接一下，该如何对接呢？就大神帮忙。配体和大分子根本对不到一起，请问该如何设置参数，还有参数设置对实际结合有影响吗？会不会没有可信度？

Jzliu 发表于 2015-4-17 15:29:23

你得计算啊……简单的po进去……怎么会有作用~

hermes0220 发表于 2015-4-19 15:19:02

Jzliu 发表于 2015-4-17 15:29
你得计算啊……简单的po进去……怎么会有作用~

需要计算什么啊？求您指导啊！:'(

药化神龙 发表于 2015-4-19 19:19:37

活性位点设置的不对啊

hermes0220 发表于 2015-4-21 16:49:57

哦，我对接后的打分一般都是-8左右，而且Pymol只能显示氢键作用，请问其他作用：比如疏水，π-π作用怎么显示？需要什么软件
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