雪见 发表于 2015-4-16 23:26:44

GMX能实现thr-金属酶和苯硼酸共价结合的体系吗

如题，我最近用GMXMD 发现它原带的力场里面都没有B的信息，查了文献发现还未见过GMX模拟苯硼酸的报到，也不知道怎么获取它的.itp，希望大家能给点建议和帮助

雪见 发表于 2015-4-16 23:34:59

最近我还尝试了用amber 发现它也不识别苯硼酸，

一醉解清风 发表于 2015-4-17 00:19:09

amber可以生成这些参数，不过要依靠在线服务器

雪见 发表于 2015-4-20 16:42:15

在线服务器也不行，估计要用量子化学软件去计算吧但是不懂

stone 发表于 2015-9-7 13:25:32

你好，请问gromacs能直接模拟金属蛋白吗？
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