light 发表于 2015-3-17 13:23:04

为什么pdb2gmx时总是要加上-ignh才能过

本帖最后由 light 于 2015-4-6 14:44 编辑

求助：为什么在pdb2gmx这一步，sorting atoms的时候H原子总是出错，一定要加上-ignh才能通过，该如何解决这个问题？

tp1039 发表于 2015-3-20 15:25:37

pdb文件中H原子的命名，跟你所选的力场对H的命名不一样。要么你手动按照力场中H的格式把pdb改过来，要么就加-ignh忽略H，反正后面都会重新加H的。
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