一泓山人 发表于 2015-1-30 09:20:29

amber怎么模拟碳纳米管呢？求高手解惑

最近学习amber，想要模拟碳纳米管的，不知道怎么生成拓扑和参数文件？有人会吗？可以给与指点不，感激不尽！！{:soso_e183:}

川大-灰太狼 发表于 2015-2-1 14:08:09

Amber主要用于生物蛋白的模拟，碳纳米管估计使用NAMD或者gromacs更方便，当然为了不写立场可以用YASARA来进行碳纳米管的分子动力学模拟：
http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=892

一泓山人 发表于 2015-3-24 18:04:40

模拟文章还是有很多用amber模拟碳管与生物分子的作用的文章，不知道怎么生成拓扑？
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