空宁澄澈 发表于 2015-1-22 22:39:00

求问autodock关于DLG文件的问题

第一个图是失败一次运行的DLG文件。。。
第二个图是成功的

也就是关键在于，运行失败的DLG它试图打开一个叫"1BSY_rigid.H.map"的文件。。结果没找到这个文件。。。于是失败
问题是，这个文件本来就没有啊。。。为什么autodock还试图去找他

这两次对接都是我做的。。后来又做了很多次，都是失败，而且失败的DLG也都是这样，DLG显示，autodock它试图打开一个叫"1BSY_rigid.H.map"的文件。。结果没找到这个文件。。。


我想问下，大家知道是之前哪一步出了问题吗？

川大-灰太狼 发表于 2015-1-22 22:46:20

因为你在准备glg的时候就没有准备好grid格点计算的H（氢键供体），需要你在MGLTools中，准备glg的grid那步，检查下map的type是否有H，如果没有手动添加上。然后接着往下做就行了。

墨竹晓风 发表于 2015-1-24 15:19:32

蛋白质预处理出错。建议用MGLTools删除蛋白质中所有H，然后添加极性H并计算电荷。

空宁澄澈 发表于 2015-1-24 15:54:27

墨竹晓风 发表于 2015-1-24 15:19
蛋白质预处理出错。建议用MGLTools删除蛋白质中所有H，然后添加极性H并计算电荷。 ...

按照教程，不是应该加氢吗？为什么要先删去所有氢，再加上极性氢呢？
话说我看的教程，写的是是直接加上所有氢

墨竹晓风 发表于 2015-1-24 16:00:09

空宁澄澈 发表于 2015-1-24 15:54
按照教程，不是应该加氢吗？为什么要先删去所有氢，再加上极性氢呢？
话说我看的教程，写的是是直接加上 ...

用MGLTools处理，可以避免H的原子类型错误问题
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