wangrui012 发表于 2015-1-22 18:51:35

用Amber做MD配体跑出蛋白质的问题

各位前辈：
   我用GOLD软甲将小分子对接到蛋白质，然后用Amber做MD大概在600ps小分子跑到了蛋白质的外面，请问这是我参数设置的问题，还是我蛋白质-配体模型构建的有问题？请各位大神指教，多谢！！！！！

川大-灰太狼 发表于 2015-1-22 21:23:32

把你的amber参数文件发上来看看，还有你的复合物。

墨竹晓风 发表于 2015-1-24 15:25:29

1.检查AMBER预处理时候，生成的complex结构，是否小分子还是在蛋白质中(65%是这个原因)；
2.检查蛋白质和小分子的力场是否合理。检查小分子的电荷是否合理；
3.AMBER动力学参数文件发来看看。

wangrui012 发表于 2015-1-26 15:12:48

墨竹晓风 发表于 2015-1-24 15:25
1.检查AMBER预处理时候，生成的complex结构，是否小分子还是在蛋白质中(65%是这个原因)；
2.检查蛋白质和小 ...

您好，我对蛋白质-配体结构做了两步能量优化，然后进行加热、平衡，最后做MD。平衡之后配体还没有跑出蛋白质。下面是参数文件，您帮忙看一下。谢谢！！！
min1
&cntrl
imin=1,
maxcyc=3000,
ncyc=1000,
cut=8.0,
ntb=1,
ntr=1
/
Hold the protein fixed
500.0
RES 1 172
END
END


min2
&cntrl
imin=1,
maxcyc=3000,
ncyc=1000,
cut=8.0,
ntb=1,
ntr=0
/

heating
&cntrl
imin=0,
irest=0,
ntx=1,
ntb=1,
cut=8.0,
ntr=1,
ntc=2,
ntf=2,
tempi=0.0,
temp0=300.0,
ntt=3,
gamma_ln=2.0,
nstlim=30000,dt=0.002,
ntpr=100,ntwx=500,ntwr=1000
/
Keep protein fixed with weak restraints
10.0
RES 1 172
END
END

equil
&cntrl
imin=0,irest=1,ntx=5,
ntb=2,pres0=1.0,ntp=1,
taup=2.0,
cut=8.0,ntr=0,
ntc=2,ntf=2,
tempi=300.0,temp0=300.0,
ntt=3,gamma_ln=2.0,
nstlim=25000,dt=0.002,
ntpr=100,ntwx=500,ntwr=1000
/


md
&cntrl
imin=0,irest=1,ntx=5,
ntb=2,pres0=1.0,ntp=1,
taup=2.0,
cut=8.0,ntr=0,
ntc=2,ntf=2,
tempi=300.0,temp0=300.0,
ntt=3,gamma_ln=1.0,
nstlim=2000000,dt=0.002,
ntpr=100,ntwx=500,ntwr=1000
/

wangrui012 发表于 2015-1-26 15:38:33

川大-灰太狼 发表于 2015-1-22 21:23
把你的amber参数文件发上来看看，还有你的复合物。

您好，这是我的参数文件，请您帮忙看一下。谢谢！！！！

min1
&cntrl
imin=1,
maxcyc=3000,
ncyc=1000,
cut=8.0,
ntb=1,
ntr=1
/
Hold the protein fixed
500.0
RES 1 172
END
END


min2
&cntrl
imin=1,
maxcyc=3000,
ncyc=1000,
cut=8.0,
ntb=1,
ntr=0
/

heating
&cntrl
imin=0,
irest=0,
ntx=1,
ntb=1,
cut=8.0,
ntr=1,
ntc=2,
ntf=2,
tempi=0.0,
temp0=300.0,
ntt=3,
gamma_ln=2.0,
nstlim=30000,dt=0.002,
ntpr=100,ntwx=500,ntwr=1000
/
Keep protein fixed with weak restraints
10.0
RES 1 172
END
END

equil
&cntrl
imin=0,irest=1,ntx=5,
ntb=2,pres0=1.0,ntp=1,
taup=2.0,
cut=8.0,ntr=0,
ntc=2,ntf=2,
tempi=300.0,temp0=300.0,
ntt=3,gamma_ln=2.0,
nstlim=25000,dt=0.002,
ntpr=100,ntwx=500,ntwr=1000
/


md
&cntrl
imin=0,irest=1,ntx=5,
ntb=2,pres0=1.0,ntp=1,
taup=2.0,
cut=8.0,ntr=0,
ntc=2,ntf=2,
tempi=300.0,temp0=300.0,
ntt=3,gamma_ln=1.0,
nstlim=2000000,dt=0.002,
ntpr=100,ntwx=500,ntwr=1000
/

Luoyanling 发表于 2015-12-7 14:46:10

请问最后问题是如何解决的呢？
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