zhangmao511 发表于 2015-1-12 15:40:20

Gromacs膜蛋白模拟中遇到的一个问题！！

各位大侠好http://emuch.net/bbs/images/smilies/smile.gifhttp://emuch.net/bbs/images/smilies/smile.gif，我现在在做膜蛋白的模拟，从网上下载下来的是POPG的128双层膜，因为嵌入的蛋白有点大，所以我自己又将128的膜扩大了，扩成了512的膜。扩膜之后因为是新膜，所以我自己又要重新跑一次完整的动力学模拟。我在跑完5NS的位置限制性的NPT之后，跑了500PS的Equilibrate without restraints之后（用的也是NPT），发现膜有一点变形（如下图），想请问我能以这个结果继续跑production MD吗？如果跑完production MD后，将蛋白嵌入这个有点变形的膜上，会不会影响整体模拟的结果啊？？请教了，谢谢！！http://emuch.net/bbs/images/smilies/hand.gif

eming 发表于 2015-1-12 17:50:17

很多人想跑出你这个效果都不一定跑得出来呢

zhangmao511 发表于 2015-1-13 17:14:34

eming 发表于 2015-1-12 17:50
很多人想跑出你这个效果都不一定跑得出来呢

是不是啊？为啥跑不出这种效果啊？
不过，从图上看，我感觉膜是有点歪的啊？？

zhangmao511 发表于 2015-1-19 21:53:14

求指点，谢谢！！

陈大亚 发表于 2015-1-20 09:45:04

求问扩膜的具体做法是？我的蛋白也很大，用VMD或是网上服务器做的膜说是也要先长时间模拟后才能用，是这样吗？谢谢！

未名 发表于 2017-6-5 19:15:14

请问，你是怎么将１２８的ＤＰＰＣ膜扩成５１２的？我很想知道，纠结一周了，谢谢啊！
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