nanakang7117 发表于 2015-1-6 09:02:58

大分子蛋白与小分子对接 gridbox center



各位高手你们好，现在做docking遇到了一点问题，希望能有人帮忙解答，感激不尽~
绿色和橘色分别是我的大分子蛋白和小分子配体，它们之间相连的那根线是大分子活性中心与小分子被羥化位点的举例表示为6.1A，其余的蓝色表示配体与大分子蛋白作用的活性位点，与配体相连的四条为氢键，现在就是6,1A的距离相对活性中心较远，有没有什么软件可以确定准确的gridbox center，使这个距离缩短？

川大-灰太狼 发表于 2015-1-6 12:59:22

在结果里面选择距离合适的分子构象或许就行了，未必是打分最好的。

nanakang7117 发表于 2015-1-6 22:57:09

川大-灰太狼 发表于 2015-1-6 12:59
在结果里面选择距离合适的分子构象或许就行了，未必是打分最好的。

分析了这次docking的所有结果后发现，没有一个距离是小于5A的，所以还是得重新设置一次gridbox center做一次docking,但是不知道怎么样选择合适的坐标来缩短这个距离~还是希望能准确一点！

北京-构效 发表于 2015-1-7 09:59:26

这个距离好像和盒子没关系，是小分子的优势构象就是这样的

未央尊 发表于 2015-1-7 10:10:13

你选择个活性位点上的空间坐标试试

一醉解清风 发表于 2015-1-8 09:27:24

建议找到那个绿色的残基（活性中心），定义盒子的时候使得盒子中心落在这个残基上。
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