light 发表于 2014-12-25 16:24:30

Gromacs能否计算MD全程的氢键占有率？？


请教各位，用Gromacs能否计算出小分子和配体在MD时间内的氢键占有率？？我想做个如上图所示的表格

不经意间的呐喊 发表于 2014-12-26 09:20:09

应该可以，你把你想计算的一个氢键分组进入index文件，它会计算出随模拟时间变换氢键的有无。。进一步你可以算出占有率吧。

light 发表于 2014-12-27 09:28:38

不经意间的呐喊 发表于 2014-12-26 09:20
应该可以，你把你想计算的一个氢键分组进入index文件，它会计算出随模拟时间变换氢键的有无。。进一步你可 ...

恩，我去试试，谢谢
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