light 发表于 2014-12-25 14:07:12

Gromacs计算B-factor求软件ba2r

本帖最后由 light 于 2014-12-25 14:58 编辑

我想要用Gromacs来计算MD之后蛋白的柔性，在网上查了一下，可以用RMSF和B-factor两个参数描述。于是输入命令：
g_rmsf -s md.tpr -f md.xtc -o rmsf.xvg -oq bfactors.pdb
rmsf.xvg可以直接画出氨基酸和RMSF图
但是bfactors.pdb是pdb文件里面包含了B-factor值，要想画出横坐标是氨基酸残基，纵坐标是B-factor的图需要一个软件ba2r
现在这软件网上我下载不到了，求助各位，有保存的麻烦能否给我发一份，谢谢！！！
luominghao1017@qq.com

zhangmao511 发表于 2014-12-26 09:45:50

用EXECL画就可以了，为啥要用专门的软件，你不就是想画B-factor的曲线图吗？

zhangmao511 发表于 2014-12-26 09:48:17

从文件中，将残基NUM抽提出，再将其对应的B-factor值抽提出，用EXCEL画。不知道我理解的对不？

light 发表于 2014-12-27 09:27:34

zhangmao511 发表于 2014-12-26 09:48
从文件中，将残基NUM抽提出，再将其对应的B-factor值抽提出，用EXCEL画。不知道我理解的对不？ ...

直接复制粘贴吗，感觉比较麻烦。。
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