light 发表于 2014-12-17 13:43:31

g_rms计算的group选择问题


蛋白和小分子配体的复合物跑完MD值之后，我想要分别对蛋白、小分子配体、复合物整体进行MD全过程的RMSD值计算，比较的对象是EM之后的构象。输入：g_rms -s em.tpr -f mdnoPBC.xtc -o rmsd.xvg
弹出需要选择两个group:
Select group for least squares fit
Group   0 (         System) has 95702 elements
Group   1 (      Protein) has3465 elements
Group   2 (      Protein-H) has2706 elements
Group   3 (      C-alpha) has   332 elements
Group   4 (       Backbone) has   996 elements
Group   5 (      MainChain) has1329 elements
Group   6 (   MainChain+Cb) has1645 elements
Group   7 (    MainChain+H) has1645 elements
Group   8 (      SideChain) has1820 elements
Group   9 (    SideChain-H) has1377 elements
Group    10 (    Prot-Masses) has3465 elements
Group    11 (    non-Protein) has 92237 elements
Group    12 (          Other) has    41 elements
Group    13 (            Ligand) has    41 elements
Group    14 (             NA) has   6 elements
Group    15 (          Water) has 92190 elements
Group    16 (            SOL) has 92190 elements
Group    17 (      non-Water) has3512 elements
Group    18 (            Ion) has   6 elements
Group    19 (            UNK) has    41 elements
Group    20 (             NA) has   6 elements
Group    21 ( Water_and_ions) has 92196 elements

Select group for RMSD calculation
Group   0 (         System) has 95702 elements
Group   1 (      Protein) has3465 elements
Group   2 (      Protein-H) has2706 elements
Group   3 (      C-alpha) has   332 elements
Group   4 (       Backbone) has   996 elements
Group   5 (      MainChain) has1329 elements
Group   6 (   MainChain+Cb) has1645 elements
Group   7 (    MainChain+H) has1645 elements
Group   8 (      SideChain) has1820 elements
Group   9 (    SideChain-H) has1377 elements
Group    10 (    Prot-Masses) has3465 elements
Group    11 (    non-Protein) has 92237 elements
Group    12 (          Other) has    41 elements
Group    13 (          Ligand) has    41 elements
Group    14 (             NA) has   6 elements
Group    15 (          Water) has 92190 elements
Group    16 (            SOL) has 92190 elements
Group    17 (      non-Water) has3512 elements
Group    18 (            Ion) has   6 elements
Group    19 (            UNK) has    41 elements
Group    20 (             NA) has   6 elements
Group    21 ( Water_and_ions) has 92196 elements
请问我想要分别对蛋白、小分子配体、复合物整体进行MD全过程的RMSD值计算，应该怎么选择？

一泓山人 发表于 2014-12-19 09:21:31

在gromacs4.5.4手册第200页里面有backbone的说明，包含N,Cα和C.

一泓山人 发表于 2014-12-18 08:47:46

直接分别选择蛋白，配体2次即可

light 发表于 2014-12-18 10:56:05

一泓山人 发表于 2014-12-18 08:47
直接分别选择蛋白，配体2次即可

谢谢！我想请教下，这个backbone是个什么概念呢，包含什么组成部分？

fanc232 发表于 2014-12-18 14:21:32

light 发表于 2014-12-18 10:56
谢谢！我想请教下，这个backbone是个什么概念呢，包含什么组成部分？

backbone，蛋白质骨架，我理解就是...把所有氨基酸残基的侧链全去掉，剩下的那部分，由肽键连着α碳原子的，就是backbone。你找个schrodinger或者别的什么软件，载入一个蛋白质，选择只显示backbone的选项，一看，就明白了。
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