生信菜鸟 发表于 2014-12-9 16:44:56

在用pmemd能量优化时为啥会出错终止呢

如下，我的in文件是这样的
001min.in: minimisation
&cntrl
imin=1,
maxcyc=1000,
ncyc=500,
cut=9,
ntb=1,
igb=0,
/   
——————————分割线————————————————
按理说，Pmemd和sander的输入文件应该是一样的呀
但是当我敲下命令 pmemd -0 -i min.in -p 001.prmtop -c 001inpcrd -o 001min.out -r 001min.rst后
却出现了
这是为什么呢？
当然我用sander这样操作的时候，光标一直闪动，就这样了一个小时，最后还是没有rst文件，只有out文件，out里

生信菜鸟 发表于 2014-12-9 16:46:06

不知道为啥，我感觉可能是min.in文件flag出错了，可是把igb ntb设0设1都试过，无效呀

生信菜鸟 发表于 2014-12-9 16:50:39

不对，刚没切换到目录，切换到当前目录后，pmemd时也是光标一直跳，然后没有下文，也没有命令可以输入

生信菜鸟 发表于 2014-12-9 18:30:14

好吧，出现了终于，只是等了很久，不是能量优化时间都很短吗

川大-灰太狼 发表于 2014-12-10 00:54:23

这个是根据你min.in里面设置的优化的步数决定的。还有你的电脑的配置！现在amber一般用gpu来加速，获得更快的速度。pmemd.cuda 就是gpu加速的命令。
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