zhangmao511 发表于 2014-12-6 00:39:43

Gromacs5.0.2安装后没有solvate命令，genbox也不能使用

请教一下，Gromacs5.0.2安装后，在执行到往盒子里添加水的时候，使用genbox_mpi -cp psbo_newbox.gro -cs spc216.gro -o psbo_solvent.gro -p topol.top命令，程序报错"This tool has been removed from Gromacs 5.0. Please". 然后，我使用solvate命令，程序报错找不到该命令。然后自己在gromacs安装目录bin目录下找了一下，搜不到solvate命令，感觉太奇怪了！！（我知道5.0版本已经把genbox命令废弃了）请教一下，这是什么问题？？？谢谢。

我gromacs安装命令是：
mkdir build
cd build

CMAKE_PREFIX_PATH=/usr/local/fftw:/usr/local/openmpi cmake .. -DGMX_MPI=ON
make -j 4
make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

川大-灰太狼 发表于 2014-12-7 02:23:17

tar xfz gromacs-5.0.2.tar.gz
cd gromacs-5.0.2
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

川大-灰太狼 发表于 2014-12-7 02:26:15

•-DGMX_MPI=on to build using an MPI wrapper compiler
•-DGMX_GPU=on to build using nvcc to run with an NVIDIA GPU

编译并行和GPU的参数。

川大-灰太狼 发表于 2014-12-7 02:29:09

gmx solvate [-cp [<.gro/.g96/...>]] [-cs [<.gro/.g96/...>]]
            [-o [<.gro/.g96/...>]] [-p [<.top>]] [-nice ]
            [-box ] [-radius ] [-scale ] [-shell ]
            [-maxsol ] [-vel]这个命令没有变。

xiaomao_zhoubo 发表于 2015-6-17 22:52:37

我安装后也没有可执行的solvate,但gmx solvate可运行

yuyang 发表于 2015-6-20 21:14:43

gmx solvate

chenxj2013 发表于 2015-11-7 15:18:57

请问您怎么解决了这个问题？我现在也遇到同样的问题

chenxj2013 发表于 2015-11-7 20:39:47

chenxj2013 发表于 2015-11-7 15:18
请问您怎么解决了这个问题？我现在也遇到同样的问题

我用solvate也不行，用gmx solvate也不行，都说没有这个命令，后来用gmx_mpi solvate就可以了

zhangmao511 发表于 2015-11-13 15:29:06

看安装什么GMX版本了，并行版本要加_mpi，5.0.X版本的命令都要加gmx了。。
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