sunnyboyluan 发表于 2014-11-27 11:41:58

LeDock对接后配体构象的拆分

我用LeDocK对接完毕后， 将对接结果用Discovery Studio打开 每次都是配体多种构象叠合在一起 没法查看每一种构象与受体的结合 请问各位高人 如何拆分。还有就是我得到的*.dok文件可以用什么软件打开 谢谢！！

fireflying 发表于 2014-11-27 15:56:52

本帖最后由 fireflying 于 2014-11-27 15:58 编辑

*dok文件可以用pymol直接打开，这样你可以查看每一种构象与配体的结合。

在Linux以及苹果OSX系统下，Ledock的命令行版本自身提供构象拆分的功能（Ledock -spli *.dok），不过在Windows的图形界面下没有这个功能。*dok文件是PDB格式的文本文件，可以用记事本打开，然后手动的选择保留还是删除某些构象，或者把构象复制粘贴到新的文本文件里面，然后再用其它软件打开即可。

sunnyboyluan 发表于 2014-11-28 07:42:12

fireflying 发表于 2014-11-27 15:56
*dok文件可以用pymol直接打开，这样你可以查看每一种构象与配体的结合。

在Linux以及苹果OSX系统下，Ledoc ...

多谢指点
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