河外生命 发表于 2014-11-18 15:09:32

求达人指点二面角的问题

求教各位达人，请问利用pymol如何将附图中青色分子相对黄色分子旋转的角度测出来并显示在图上？我对pymol里二面角测定这个命令不是很理解，谢谢指教！

川大-灰太狼 发表于 2014-11-18 19:02:20

pymol里面的二面角是指 同一个分子里面的二面角，不是说两个分子间的二面角。

河外生命 发表于 2014-11-18 20:51:43

川大-灰太狼 发表于 2014-11-18 19:02
pymol里面的二面角是指 同一个分子里面的二面角，不是说两个分子间的二面角。 ...

那也就是说不能测定两个分子之间的二面角？

laoman 发表于 2014-11-19 09:09:18

看这图，CYP11B2？P.S. 要量两个分子空间上的角度似乎比较麻烦，这两个分子都比较平面，不知道你的意思是不是这两分子所在平面的二面角的大小？有一种解决办法就是同时选中这两个小分子，copy to a new object，这时pymol就把这两分子认成一个分子，再量二面角吧。

laoman 发表于 2014-11-19 09:30:05

laoman 发表于 2014-11-19 09:09
看这图，CYP11B2？P.S. 要量两个分子空间上的角度似乎比较麻烦，这两个分子都比较平面，不知道你的意思是不 ...

好吧，不是11B2，这个I螺旋的构象好奇怪，跑了动力学之后的？
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