yuyanqing 发表于 2014-11-6 21:05:28

带金属Ni2+离子的酶如何跑动力学

各位大家好，我最近要做一个带Ni2+的脲酶的动力学实验，可是之前没做过金属离子这方面的东西，之前在咱们论坛上搜到过一些这方面的内容，也照着做了，发现主要是Ni2+的top文件很难确定，Ca2+，Mg2+，Zn2+还好，有前辈在论坛上发表过，然后我也能够实现，可就是Ni2+比较难搞，也不知道怎么生成top文件。之前看文献说是把Ni2+当成nonbond模型，q=+2e，r=0.117nm，就只有这两个参数，然后怎么做的我就不知道了。不知道各位前辈有知道的么？也试着用MCPB的方法做，不过一些参数实在是很难知道是什么含义，而且比较费时间。拜托各位前辈了，我用的软件是amber，万分感谢

yuyanqing 发表于 2014-11-7 09:05:53

:lol:lol:lol:lol:lol自己顶一下

川大-灰太狼 发表于 2014-11-7 23:02:06

我以前也用AMBER，但还没有遇到过Ni这样的原子，我现在在用YASARA，它是款自动识别蛋白（蛋白含金属离子）和配体的综合分子动力学软件。

yuyanqing 发表于 2014-11-9 16:55:10

川大-灰太狼 发表于 2014-11-7 23:02
我以前也用AMBER，但还没有遇到过Ni这样的原子，我现在在用YASARA，它是款自动识别蛋白（蛋白含金属离子） ...

恩呢，主要是我们实验室探究脲酶，然后脲酶就是含有镍离子，你说的那个软件我还真没听过，我查一下，现在我正在学另一种方法看看能不能解决，金属离子处理起来确实麻烦，多谢前辈了哈，嘻嘻我金币不多，就先欠着哈

川大-灰太狼 发表于 2014-11-9 19:09:15

呵呵，没事把金币自己留着：）有用的地方 哈哈

stone 发表于 2015-9-7 12:25:54

你好，我也在做金属酶的模拟，请问你怎么处理金属离子的问题，谢谢，能分享下你的经验吗

毛良伟_Uwi17 发表于 2017-4-19 12:49:52

带金属Ca2+离子的酶如何跑动力学

Nidane_i66PC 发表于 2017-10-27 20:08:34

请问带Ca2+或者Zn2+的体系如何跑模拟呢？那里可以找到相关金属离子所需要的frcmod以及prepi的文件？现在似乎找不到了？谢谢！
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