atmdd 发表于 2014-10-27 18:23:24

gromacs跑能量最小化后蛋白分裂了

用gromacs跑能量最小化，蛋白会变成下边图那样四分五裂，真空、溶剂，共轭、最陡，都会这样，请问这是怎么回事，由如何解决呢？看着像正方形，可是在做真空能量最小化没有加盒子的情况下，怎么也是正方形的？
ps：这个结构是我在另一个蛋白上删除了20多个氨基酸后跑的，未删除的那个蛋白跑能量最小化没有问题

zhouyuewolf 发表于 2015-11-18 10:37:35

您好，我也遇见了同样的问题。您这个问题解决了吗？是如何解决的？求解，谢谢

atmdd 发表于 2015-11-19 08:19:35

没解决...

lrf1980 发表于 2015-11-21 07:53:09

是不是原始的蛋白质没有处理好？还是pymol显示的问题？换个软件打开看看。配体跟蛋白跑的分离可以理解，怎么完整一条链的蛋白也跑的分离了？

zhouyuewolf 发表于 2015-12-1 11:21:31

是这个样子的。做做对接前的能量最小化，不继续进行动力学模拟则看断裂的位置在哪，如果离活性口袋比较远，则可以不给予考虑，因为对接，你看只是在你设定的盒子里对接，范围就在那了。所以，没问题。但是，做模拟，必须保证完整的。

zhouyuewolf 发表于 2015-12-1 11:22:23

断裂是因为结构存在不合理或者有冲突，是否可以考虑约束，有待进一步尝试

shwfzmnltmlc 发表于 2016-7-7 16:05:36

这个应该是周期性的原因吧

atmdd 发表于 2016-7-8 09:27:26

shwfzmnltmlc 发表于 2016-7-7 16:05
这个应该是周期性的原因吧

请问该如何解决呢？

shwfzmnltmlc 发表于 2016-7-16 09:38:27

atmdd 发表于 2016-7-8 09:27
请问该如何解决呢？

gmx trjconv -s .tpr -f .xtc -o .xtc -pbc mol -ur compact -center
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