zhangmao511 发表于 2014-10-18 23:10:43

请问Gromacs里设置水盒子的形状不同，会对MD结果产生影响...

想问一下，在用Gromacs跑分子模拟时，在建立水盒子那一步时，可以选择三斜晶体，立方体，八面体，十二面体，选择水盒子的形状不同，会对最终MD的结果产生影响吗？？

谢谢指教！！！

墨竹晓风 发表于 2014-10-19 09:35:53

会对最终结果有影响的，程度有多少比较难量化。一般是采用立方体。但是为了节约运算时间，八面体也有人用（因为八面体添加的水分子个数会少很多）。主要还是看体系本身的性质，比如特别刚性，八面体也可接受。如果是柔性大的话，还是建议用立方体吧。

川大-灰太狼 发表于 2014-10-20 10:29:56

墨竹晓风 发表于 2014-10-19 09:35
会对最终结果有影响的，程度有多少比较难量化。一般是采用立方体。但是为了节约运算时间，八面体也有人用（ ...

墨兄的回答很好，其实有人研究水分子什么时候用什么类型的，以及用什么盒子的文献，可以google下看看。
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