十年磨练 发表于 2014-10-6 09:50:39

gromacs中小分子力场

本帖最后由 十年磨练 于 2014-10-6 16:38 编辑

本人刚刚学习gromacs不久，有很多问题都不是很清楚，比如力场问题

gromacs软件本身主要偏重于蛋白质等大分子的计算，目前也可以应用于小分子的计算研究（如有机溶液）。但在用于小分子有机溶剂计算时，对于力场的选择上有什么规则吗？ 也就是说，在使用gromacs软件对小分子进行模拟时，所用的力场与模拟蛋白质等大分子有什么不同，需要特别注意的有哪些？
比如说：有没有有关小分子力场的介绍呀？ 对于蛋白质的一些力场，在应用于小分子时需要如何修改或者是注意什么呀？

十年磨练 发表于 2014-10-9 11:15:32

自己顶一下

whl2dxl 发表于 2014-10-9 13:11:08

我理解的也比较浅显，不谈其中各种算法对动力学结果的影响，例如有人反驳国内某牛的文章，指出作者对gromacs中的thermostatting方法使用的不当而得到错误的结果。我只是把gromacs作为是一种动力学模拟的软件，对于材料分子我用的比较多的是oplsaa，或者自己定义的分子力场（有一些自己拟合的，有一些从文献查到的）。楼主既然做过蛋白质的动力学模拟，那对力场参数的设置肯定有一定的理解，我理解的是力场参数没有对错之分，只是说它更适合哪种体系。我没有见过专门很详细的介绍小分子力场的文章，我只是从相关方向的文献里找需要的信息，如果楼主找到感谢分享。说的不对的地方，感谢拍砖。

十年磨练 发表于 2014-10-9 16:47:43

whl2dxl 发表于 2014-10-9 13:11
我理解的也比较浅显，不谈其中各种算法对动力学结果的影响，例如有人反驳国内某牛的文章，指出作者对gromac ...

学习了                  

张楠 发表于 2016-1-13 13:57:29

http://jerkwin.github.io/categories/   中有关于力场的选择
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