墨竹晓风 发表于 2012-11-6 10:47:05

AMBER12在ubuntu12.04下的安装，需要联网

AMBER12做的最大的改进就是安装极其简单

该教程基于UBUNTU12.04


yyhsz04 发表于 2012-11-6 10:53:12

yyhsz04 发表于 2012-11-6 10:54:04

墨竹晓风 发表于 2012-11-6 10:58:13

yyhsz04 发表于 2012-11-6 10:53 static/image/common/back.gif
./configure gnu
的步骤提示gnu编译器版本过低怎么办 提示gcc是4.1.2的 需要4.3以后的 ...

redhat的比较麻烦咯，第一步sudo apt-get的东西得手动安

川大-灰太狼 发表于 2012-11-6 11:06:03

请把更新的源换为 centos或者scientific linux的更新源，redhat企业版的在没有注册之前是不支持更新的！

yangfan 发表于 2012-12-21 17:20:35

fan@fan-Aspire-4741:~/openmpi-1.6.3$ ./configure --prefix=/usr/local/openmpi CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort

============================================================================
== Configuring Open MPI
============================================================================

*** Startup tests
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
checking target system type... i686-pc-linux-gnu
checking for gcc... icc
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/home/fan/openmpi-1.6.3':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details

请教，这该怎么搞啊？
另外，amber可以在笔记本上装的吧？

yangfan 发表于 2012-12-23 19:44:14

yangfan 发表于 2012-12-21 17:20 static/image/common/back.gif
fan@fan-Aspire-4741:~/openmpi-1.6.3$ ./configure --prefix=/usr/local/openmpi CC=icc CXX=icpc F77=ifo ...

搞明白这个了，这里要先安装icc，ifort等
接下来make all没有报错
不过到make install的时候又报错了，晕死
test -z "/usr/local/openmpi/lib" || /bin/mkdir -p "/usr/local/openmpi/lib"
/bin/bash ../../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libmpi_cxx.la '/usr/local/openmpi/lib'
libtool: install: warning: relinking `libmpi_cxx.la'
libtool: install: (cd /home/fan/openmpi-1.6.3/ompi/mpi/cxx; /bin/bash /home/fan/openmpi-1.6.3/libtool--silent --tag CXX --mode=relink icpc -O3 -DNDEBUG -finline-functions -pthread -version-info 1:1:0 -export-dynamic -o libmpi_cxx.la -rpath /usr/local/openmpi/lib mpicxx.lo intercepts.lo comm.lo datatype.lo win.lo file.lo ../../../ompi/libmpi.la -lrt -lnsl -lutil )
/home/fan/openmpi-1.6.3/libtool: line 8979: icpc: command not found
libtool: install: error: relink `libmpi_cxx.la' with the above command before installing it
make: *** 错误 1
make:正在离开目录 `/home/fan/openmpi-1.6.3/ompi/mpi/cxx'
make: *** 错误 2
make:正在离开目录 `/home/fan/openmpi-1.6.3/ompi/mpi/cxx'
make: *** 错误 1
make:正在离开目录 `/home/fan/openmpi-1.6.3/ompi'
make: *** 错误 1

墨竹晓风 发表于 2012-12-25 11:47:08

yangfan 发表于 2012-12-23 19:44 static/image/common/back.gif
搞明白这个了，这里要先安装icc，ifort等
接下来make all没有报错
不过到make install的时候又报错了，晕 ...

这个是安装并行时候的错误。openmpi没有配置环境

yangfan 发表于 2012-12-25 18:13:37

墨竹晓风 发表于 2012-12-25 11:47 static/image/common/back.gif
这个是安装并行时候的错误。openmpi没有配置环境

这个是在安装openmpi时的错误，这几天一直纠结串行版的，应该是搞好了，明天搞并行的再来纠结这个。
才开始用的Ubuntu，一切都还不太懂，正在摸索中学习，以后多多指教，谢啦！
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