浪模拟 发表于 2014-9-16 22:49:37

请问比较方便做能量最小化的软件有哪些？

请问比较方便做能量最小化的软件有哪些？接触过两个软件，一个是moe，moe是商业软件，不能随时使用，另一个是NAMD，刚接触，教程里面也提到过能量最小化，但是按教程可以得到分子动力学模拟的结果，不会获得能量最小化后的分子结构。{:soso_e183:}{:soso_e183:}{:soso_e183:}{:soso_e183:}

浪模拟 发表于 2014-9-22 15:06:59

weili201 发表于 2014-9-22 10:49
dcd文件有很多帧，你看哪一帧达到平衡状态了，就取哪一帧就行了

能量最小化是蛋白质分子内所有的能量达到一个最小值，这是静态的结果。
而平衡后是蛋白质分子和周围溶剂达到一个动态的能量最小化的状态。不知道理解有没有问题？
那么取出平衡后的某一帧来，这一状态是蛋白质分子和周围溶剂的最小化能量状态，不是蛋白质分子能量最小化状态。

whl2dxl 发表于 2014-9-20 09:14:27

浪模拟 发表于 2014-9-17 11:17
导入psf和dcd后得到的是能量平衡后的结构，而我如果想要得到能量最小化后的结构，怎么处理？ ...

若是导入dcd，那么你得到的应该是多帧的构象而不是单一的平衡后的结构，或者检查一下轨迹打印的频率。剩下的就是VMD中导出轨迹了吧？ 再或者最小化后是不是有个coor文件生成？你看一下那个是不是你需要的

浪模拟 发表于 2014-9-17 11:17:01

weili201 发表于 2014-9-17 10:01
如楼上所说，namd最小化之后，能够得到动力学的dcd、coor、xsc、vel等等。。
直接vmd导入psf和dcd就能直观 ...

导入psf和dcd后得到的是能量平衡后的结构，而我如果想要得到能量最小化后的结构，怎么处理？

浪模拟 发表于 2014-9-17 07:49:19

:)自己顶一下，求解答

浪模拟 发表于 2014-9-17 09:18:20

hyperchem 以及 chemoffice 也可以！！

whl2dxl 发表于 2014-9-17 09:47:44

有了动力学的轨迹文件，怎么会得不到分子结构？

weili201 发表于 2014-9-17 10:01:29

如楼上所说，namd最小化之后，能够得到动力学的dcd、coor、xsc、vel等等。。
直接vmd导入psf和dcd就能直观观察了。。

浪模拟 发表于 2014-9-17 11:17:28

whl2dxl 发表于 2014-9-17 09:47
有了动力学的轨迹文件，怎么会得不到分子结构？

导入psf和dcd后得到的是能量平衡后的结构，而我如果想要得到能量最小化后的结构，怎么处理？:handshake

浪模拟 发表于 2014-9-17 21:47:06

导入psf和dcd后得到的是能量平衡后的结构，而我如果想要得到能量最小化后的结构，怎么处理？

dejunchem 发表于 2014-9-17 22:03:17

对接前我都用 chemoffice3D 做。做对接应该够了，其它估计是有点简单了~~~
页: [1] 2
查看完整版本: 请问比较方便做能量最小化的软件有哪些？