浪模拟 发表于 2014-9-16 15:04:33

autodock的两个问题

1，在设置dpf文件时，ADT: Docking>>search parameters>>GA>>number of ga run = 10 ,这里number of ga run 为什么要运行10次？
2，在运行 autogrid4 和 autodock4 时（ADT中），在设置路径后，下方会有一个长方框显示Nice Level ，这个Nice Level是什么意思？

大工-阿里巴巴 发表于 2014-9-16 16:26:22

回答第一题：这个实际上是遗传算法的运行次数，10次在实际的对接中是远远不够的，你可以把它设成100或者更大的值

浪模拟 发表于 2014-9-16 22:40:22

大工-阿里巴巴 发表于 2014-9-16 16:26
回答第一题：这个实际上是遗传算法的运行次数，10次在实际的对接中是远远不够的，你可以把它设成100或者更 ...

谢谢回复:)
你的意思是对接10次？10次有10个排序，可最后显示的是只有一个排序？

大工-阿里巴巴 发表于 2014-9-17 09:08:31

浪模拟 发表于 2014-9-16 22:40
谢谢回复
你的意思是对接10次？10次有10个排序，可最后显示的是只有一个排序？ ...

是对接10次，你看的是聚类的情况吧~如果是10次对接都聚类在一起的话，play一下，是可以看到类似于1_1,1_2....这样的10个构象的
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