SYPHU_me 发表于 2012-11-5 13:56:16

水介导的配体与AA之间的相互作用如何考虑？谢谢！

各位大侠，请教如下：
我在进行docking的时候，都是把共晶中的所有水分子del，但是事实上有可能某个或者几个水分子可能介导配体与氨基酸之间的相互作用，在docking时大家是如何考虑的这一点呢？
感性您的热心帮助！

川大-灰太狼 发表于 2012-11-5 14:53:48

有专门讨论水分子的文章！根据每个体系的不同去除一些水分子，然后保留少数一些水分子。这里有一篇文章介绍水分子的作用和模拟。
当然，更有意思的是对比多个晶体复合物，你会发现药物分子的每一个杂原子都是有用的，不多不少！还会有水分子氢键网络与杂原子相互作用。有专门讨论水分子的文章！根据每个体系的不同去除一些水分子，然后保留少数一些水分子。这里有一篇文章介绍水分子的作用和模拟。
当然，更有意思的是对比多个晶体复合物，你会发现药物分子的每一个杂原子都是有用的，不多不少！还会有水分子氢键网络与杂原子相互作用。

推荐对接软件GOLD，它可以考虑水分子的存在与否。

大工-阿里巴巴 发表于 2012-11-5 18:29:51

docking要考虑水分子的话，一定要找支持部分结晶水分子的对接软件，比如楼上菜菜说的GOLD(商软）或者FITTED（免费软件）。

SYPHU_me 发表于 2012-11-6 11:05:53

川大-灰太狼 发表于 2012-11-5 14:53 static/image/common/back.gif
有专门讨论水分子的文章！根据每个体系的不同去除一些水分子，然后保留少数一些水分子。这里有一篇文章介绍 ...

嗯，看看这篇文章，谢谢狼哥嘿嘿;P

SYPHU_me 发表于 2012-11-6 11:07:38

大工-阿里巴巴 发表于 2012-11-5 18:29 static/image/common/back.gif
docking要考虑水分子的话，一定要找支持部分结晶水分子的对接软件，比如楼上菜菜说的GOLD(商软）或者FITTED ...

谢谢阿里;P 你有做过这样的对接吗？
菜菜哈哈，这个称呼好！

大工-阿里巴巴 发表于 2012-11-6 15:57:51

SYPHU_me 发表于 2012-11-6 11:07 static/image/common/back.gif
谢谢阿里 你有做过这样的对接吗？
菜菜哈哈，这个称呼好！

最近准备学呢~学会在群里发帖！me姐稍等
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