atmdd 发表于 2014-9-3 09:44:07

墨竹晓风 发表于 2014-9-3 09:02
如果是图形化的长宽高的盒子，那么只能通过调大盒子尺寸来完成。有些软件，比如GOLD，DOCK，可以指定小分子 ...

我是在做dNTP和一段双螺旋一个上的碱基进行对接，用那个软件比较适合呢？还有就是请问win下的autodock在哪里输入代码？

jianchen7882 发表于 2014-9-3 11:29:30

要不你试试修改小分子的三维坐标吧，不过也并不是特别可行，如果不准备换其他软件的话

不经意间的呐喊 发表于 2014-9-3 13:00:16

atmdd 发表于 2014-9-3 09:38
对，用的图形界面，在win下用的。。那就是用图形界面的盒子没办法解决了吗？.... ...

应该是没有办法的。可改动的数据只有那几个。

atmdd 发表于 2014-9-3 16:28:06

jianchen7882 发表于 2014-9-3 11:29
要不你试试修改小分子的三维坐标吧，不过也并不是特别可行，如果不准备换其他软件的话 ...

有什么软件推荐呢？

atmdd 发表于 2014-9-3 16:51:42

不经意间的呐喊 发表于 2014-9-3 13:00
应该是没有办法的。可改动的数据只有那几个。

好的，多谢！！

墨竹晓风 发表于 2014-9-4 08:26:39

要用autodock的话，就是没办法的。用代码也改不了。因为autodock的只有box，没有residue around ligand

atmdd 发表于 2014-9-4 09:43:04

墨竹晓风 发表于 2014-9-4 08:26
要用autodock的话，就是没办法的。用代码也改不了。因为autodock的只有box，没有residue around ligand ...

杯具，好的，多谢！
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查看完整版本: 请教两个关于autodock的问题