NAMD自学笔记 适用于初学者
在小木虫上看到的，我只是整理了一下。加了点自己的想法，希望对您能有所帮助一、NAMD中psf文件的生成
先说psf文件的生成：
通常pdb文件中包含水分子，教程上只是将蛋白提出来，而如果有其他金属离子则按教程的做法这些离子将不再包含在pdb文件中，所有第一步要仔细检查自己的目标蛋白文件。
我的做法：
1、先用别的软件将pdb文件中的水去掉。如果存在金属离子为单独的一条链，将金属离子合并到蛋白链，并修改其原子序号。
2、检查pdb文件中是否有非天然氨基酸：我的pdb文件中有几个MSE，先将其改为MET。
3、金属离子的立场文件中命名和常用的pdb文件不同：比如Ca在NAMD自带的tutorial的立场文件top_all27_prot_lipid.inp中为CAL，因此将vi修改pdb文件中的CA变为CAL。只用空格，pdb文件中各列的值有空格分隔，其详细格式请看http://blog.163.com/nm_myc_1013/ ... 455201331842724812/。
4、搞定pdb文件后，修改下教程中的pgn文件，
package require psfgen
topology top_all27_prot_lipid.inp
pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
segment U {pdb ubqp.pdb}
coordpdb ubqp.pdb U
guesscoord
writepdb ubq.pdb
writepsf ubq.psf
这里的ubqp 及输出的ubq改为自己的文件。
注意中文的教程里面：
“topology top all27_prot_lipid.inp”这一行有错误，应该是topology top_all27_prot_lipid.inp。立场文件名有错误，（小生一开始没发现，整了好多次才注意到）。
Source name.pgn 生成所需的pdb及psf文件。
如果错误可能是工作目录不对，请CD到对应目录再重新运行。
这里顺便提一下NAMD的安装和编译，在下载NAMD的时候有个安装教程里面的东西很多，试着按照那个readme安装，老出现错误，后来发现里面有个smart-install.pl(忘了可能是smart-config.pl)可以根据提示进行charmm的安装和编译。其他按说明来就可以。
二、若生成的psf文件少原子，一因其pdb文件错误造成的。如果pdb没错，那就是你在top文件中定义原子的时候出现了错误，要仔细检查
若psf缺少键的信息，则是因为top文件定义键与双键的时候出现的错误。
三、蛋白的溶剂化及相关conf文件的参数设定。
这里我们主要讲water box
按照NAMD提供的教程生成蛋白的溶剂化模型。得到protein_wb.pdb以及protein_wb.psf。
然后确定次立方体系的边长 a b c以及中心xyz坐标。
根据教程来就可以
set everyone
measure minmax $everyone
measure center $everyone
边长有xyz坐标的最大值和最小值计算得到。
比如我的系统中 边长分别为 73.1 69.1 72.2
这个边长在conf文中用到，这里是我的理解：
在conf文件中下面部分的参数用到：
# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1 74.0 0.00.0
cellBasisVector2 0.070.0 0.0
cellBasisVector3 0.0 0 73.0
cellOrigin 24.3 59.832.6
其中 cellBasisVector123的值应该比3个边长稍大一点就可以。不知道自己的理解是否正确，但可以运行，且结果也可以。
蛋白溶剂化后可以添加对抗离子，采用VMD-Extention-modeling-add ions 添加0.145mol/L的 NaCl。
后面附conf文件一些参数的说明和修改情况：
# Integrator Parameters
timestep 2.0;# 2fs/step
rigidBonds all;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq 1
fullElectFrequency2
stepspercycle 10
#这个后面3个参数改大一些可以节省计算时间，但是我尝试了一下修改为100 200 1000是发生错误，后来一想干脆就安教程中的数据来。可能改为10 20 100可以，但后面最小化的步骤必学是stepspercycle的整数倍。
# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME yes
PMEGridSpacing 1.0
#manual grid definition
#PMEGridSizeX 75
#PMEGridSizeY 72
#PMEGridSizeZ 75
这里的自定义PMEGrid的大小，教程中说这三个数的值最好是2,3,5的指数倍。不是很懂，干脆就不自己定义了。
# Output
outputName $outputname
restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq 250
xstFreq 250
outputEnergies 100
outputPressure 100
这里输出频率问题很多：按照这个数值输出文件尤其是.dcd文件很大，想改一下跑5ns将这些值改为10000，但结果中蛋白各原子的位置出现错误，好像就是立场错误的样子。将其值改为1000后结果正常。
#############################################################
## EXECUTION SCRIPT ##
#############################################################
# Minimization
minimize 1000
#最小化步骤自己写了3000但发现好只跑到1100多就停止了后面的动力学模拟就不跑了。改为1000后正常。
reinitvels $temperature
run 2500000 ;# 5ns
四、中断的NAMD如何续跑：
修改.conf
#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS ##
#############################################################
structure ../MD/tse_ion.psf
coordinates ../MD/tse_ion.pdb
set previou tse_ion_eq #添加的内容
set current tse_ion_rest #添加的内容 这2个可能并不需要
set temperature 310
set outputname tse_ion_rest #重新计算后输出到新的文件中
bincoordinates ../MD/tse_ion_eq.restart.coor
binvelocities ../MD/tse_ion_eq.restart.vel
extendedSystem ../MD/tse_ion_eq.restart.xsc
#上面3条为需要添加参数。
firsttimestep 301000 #restart from 301000 step
#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS ##
#############################################################
# Input
paraTypeCharmm on
parameters ../MD/par_all27_prot_lipid.inp
# temperature $temperature
温度不需要这里需要注释掉即前面加个#号。
#############################################################
## EXECUTION SCRIPT ##
#############################################################
# Minimization
# minimize 1000
# reinitvels $temperature
最小化也不需要 这2个参数都加上#
run 2500000 ;# 5ns
你好，请问一个问题，我在周期边界条件下minimize开始两步的VDW都是无穷大，从第三步开始才开始降低，100步是降到5w多，其他一些值也有无穷大的。但是，log文件里面并没有报错，这个结果有问题吗？
部分log：
ETITLE: TS BOND ANGLE DIHED IMPRP ELECT VDW BOUNDARY MISC KINETIC TOTAL TEMP POTENTIAL TOTAL3 TEMPAVG PRESSURE GPRESSURE VOLUME PRESSAVG GPRESSAVG
ENERGY: 0 14181.0046 6622.0692 1171.3278 17.3086 -164698.5430 9999999999.9999 0.0000 0.0000 0.0000 9999999999.9999 0.0000 9999999999.9999 9999999999.9999 0.0000 9999999999.9999 9999999999.9999 524394.0000 9999999999.9999 9999999999.9999
OPENING EXTENDED SYSTEM TRAJECTORY FILE
MINIMIZER SLOWLY MOVING 3550 ATOMS WITH BAD CONTACTS DOWNHILL
PRESSURE: 1 2.87749e+11 1.892e+11 -1.29038e+11 1.892e+11 2.14187e+11 -1.25246e+11 -1.29038e+11 -1.25246e+11 1.40999e+11
GPRESSURE: 1 2.87749e+11 1.892e+11 -1.29038e+11 1.892e+11 2.14187e+11 -1.25246e+11 -1.29038e+11 -1.25246e+11 1.40999e+11
ENERGY: 1 14231.3128 6628.3113 1171.8588 17.3108 -170554.4364 9999999999.9999 0.0000 0.0000 0.0000 9999999999.9999 0.0000 9999999999.9999 9999999999.9999 0.0000 9999999999.9999 9999999999.9999 524394.0000 9999999999.9999 9999999999.9999
MINIMIZER SLOWLY MOVING 2892 ATOMS WITH BAD CONTACTS DOWNHILL
PRESSURE: 2 1.58379e+10 -1.0819e+10 -6.96766e+09 -1.0819e+10 1.29903e+10 5.79707e+09 -6.96766e+09 5.79707e+09 1.04785e+10
GPRESSURE: 2 1.58379e+10 -1.0819e+10 -6.96765e+09 -1.0819e+10 1.29904e+10 5.79706e+09 -6.96766e+09 5.79707e+09 1.04786e+10
ENERGY: 2 14298.5417 6633.9598 1172.2533 17.3108 -168743.2560 9999999999.9999 0.0000 0.0000 0.0000 9999999999.9999 0.0000 9999999999.9999 9999999999.9999 0.0000 9999999999.9999 9999999999.9999 524394.0000 9999999999.9999 9999999999.9999
MINIMIZER SLOWLY MOVING 2279 ATOMS WITH BAD CONTACTS DOWNHILL
PRESSURE: 3 6.34368e+09 -3.70087e+09 -2.83501e+09 -3.70087e+09 3.12657e+09 1.53744e+09 -2.83501e+09 1.53744e+09 2.12234e+09
GPRESSURE: 3 6.3437e+09 -3.70087e+09 -2.83501e+09 -3.70088e+09 3.12659e+09 1.53744e+09 -2.83501e+09 1.53744e+09 2.12237e+09
ENERGY: 3 14340.2791 6638.9210 1172.2533 17.3108 -165571.4263 7288678040.6184 0.0000 0.0000 0.0000 7288534637.9563 0.0000 7288534637.9563 7288534637.9563 0.0000 3864196323.5888 3864219281.6855 524394.0000 3864196323.5888 3864219281.6855 YAYA_Z 发表于 2014-10-31 09:12
你好，我有一个问题想向你请教，就是我在生成糖的psf文件时每个氨基酸之间都是断开的，并没有生成键，那我 ...
你有些键的信息是不是遗漏了？你看看断开的地方在top文件中有键的信息吗 qianlang 发表于 2015-6-11 22:14
你好，请问一个问题，我在周期边界条件下minimize开始两步的VDW都是无穷大，从第三步开始才开始降低，100步 ...
这个没问题的 跑到最后能量就不会变化了 就是说达到了平衡 不错，希望能再详细点及排版清楚些 墨竹晓风 发表于 2014-8-30 14:08
不错，希望能再详细点及排版清楚些
恩恩 我会继续改进的:P 非常不错，继续加油小史，值得大家学习的分享精神。 川大-灰太狼 发表于 2014-8-30 15:17
非常不错，继续加油小史，值得大家学习的分享精神。
:P:P帖子太少 攒点人气 楼主好厉害。。。很有帮助 你好，我有一个问题想向你请教，就是我在生成糖的psf文件时每个氨基酸之间都是断开的，并没有生成键，那我需要在top文件中改哪部分呢？如果您知道的话请指教一下吧，谢谢啦！ 好的，我再仔细看看top文件，谢谢啦！ YAYA_Z 发表于 2014-11-1 18:03
好的，我再仔细看看top文件，谢谢啦！
:handshake不用谢
页:
[1]
2