stevenkkk 发表于 2014-8-29 20:48:14

Gromacs能算大分子与水的相互作用吗

新手，请教各位：
   有个有机大分子，亲水性，在Gaussian里可以优化出结构，但要研究它与水的结合能，若加1~2个水分子，Gaussian还能算得动，加水分子多了，要用好长时间。有人推荐使用Gromacs，建立个水盒子，放上水，跑一下动力学，看看这个大分子周围能够吸附多少个水。


    有人做过这方面的研究吗？Gromacs能否做这样的动力学计算呢，请多多指教啊！

临江仙 发表于 2014-8-29 21:41:55

建议先学会用gromacs进行MD以后，掌握如何获取分子top文件后，然后再应用到你的体系里面

zhangmao511 发表于 2014-8-29 21:46:53

在了解Gromacs基础之后，你可以看看这个教程http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/biphasic/index.html
可能跟你的要求比较像。。

墨竹晓风 发表于 2014-8-30 14:04:52

理论上可以。但是落实到细节，水分子加在什么位置，加多少个水分子，等都需要谨慎考虑。
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