zl1989liang 发表于 2014-8-28 10:52:36

请教DOCK6.6并行问题

刚使用dock6.6，我在运行dock6.mpi时，出现
Initializing Library File Routines...
Could not open protein_primary_scored.mol2 for writing.Program will terminate.

不知道是什么问题...看manual中有句话：One corrective approach is to use manual linking; add to the LIBS definition in config.h the link flags (-L and -l) from the command: $MPICH_HOME/mpicc -show; in general, the LIBS should contain those link flags in the same order.
不知道和这个问题有没有关系？也不知道如何修改，还请各位大侠能够指点！谢谢~


不经意间的呐喊 发表于 2014-8-28 18:46:09

Could not open protein_primary_scored.mol2 for writing. 是不是你的配体的名称没有改。和dock.in里面的要一致吧

墨竹晓风 发表于 2014-8-30 14:03:40

并行环境正确配置了吗？

zl1989liang 发表于 2014-9-1 07:59:45

不经意间的呐喊 发表于 2014-8-28 18:46
Could not open protein_primary_scored.mol2 for writing. 是不是你的配体的名称没有改。和dock.in里面的 ...

你好，我看了下，和dock.in中的名字是一样的，后来我发现是运行权限的问题。。。改完权限后可以跑，但是发现并没有真正的并行起来，比如运行mpirun -np 8 dock6.mpi -i dock.in 程序是把同一个小分子运行了8次，而没有提高运算速度，运算每一个小分子的时间和没并行时是一样的。

zl1989liang 发表于 2014-9-1 08:08:12

墨竹晓风 发表于 2014-8-30 14:03
并行环境正确配置了吗？

现在是能跑起来，但没有实现真正的并行。。我下载的openmpi，应该是安装成功了，安装dock6时，也用的是./configure gnu.parallel    是不是还有其他的并行环境我没有配置好或是有什么地方我没有安装呢？

墨竹晓风 发表于 2014-9-1 09:25:15

zl1989liang 发表于 2014-9-1 08:08
现在是能跑起来，但没有实现真正的并行。。我下载的openmpi，应该是安装成功了，安装dock6时，也用的是./ ...

在bashrc中添加了openmpi的path了吗

zl1989liang 发表于 2014-9-1 13:10:56

墨竹晓风 发表于 2014-9-1 09:25
在bashrc中添加了openmpi的path了吗

恩，添加了，但还只是一个分子运算多次，而没有根本提高运算速度和时间，不知道哪里还出了问题？按照您的经验，是不是装好openmpi，设置好openmpi的path，再./configure gnu.parallel就应该行了吧？

墨竹晓风 发表于 2014-9-2 08:35:35

zl1989liang 发表于 2014-9-1 13:10
恩，添加了，但还只是一个分子运算多次，而没有根本提高运算速度和时间，不知道哪里还出了问题？按照您的 ...

嗯，是的啊

zl1989liang 发表于 2014-9-3 09:17:19

墨竹晓风 发表于 2014-9-2 08:35
嗯，是的啊

好的，谢谢您，不行的话我只能再重装系统试试了。
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