syjohn 发表于 2013-7-2 11:45:26

关于酶的筛选问题

跟大家探讨一个问题我需要完成一部化学上的催化反应，底物已知，但是如何去筛选完成这步反应的酶呢？有没有这样的数据库，或者相关的算法，能够进行靶向酶的筛选？或者说除了查阅相关的文献，如何利用信息学或者分子模拟的方法来获得这个酶，也就是说如何去寻找这个酶？

大工-阿里巴巴 发表于 2013-7-2 23:59:02

不知道阁下是否是做化学出身，我觉得要是做类似的想法，是不是可以简单的利用google实现，两种思路，一是直接找你的底物，比如叫SMA, 我就搜索SMA ENZYME,看看有没有相关的信息，如果搜索不到，可以试试反应类型，比如是个水解反应，我可以搜SMA hydrolase,如果还是搜索不到，可能就需要去找SMA的结构类似物，最起码关键的官能团要有类似性，我觉得通过信息学方法找到的未必是靠谱的~

syjohn 发表于 2013-7-3 20:32:12

阿里啊，我是生物学出身的，所以化学的东西看起来有点费劲啊，我就是要做个异构体的转换，从L变为R，但是如何去寻找一个酶把这个小分子从L变为R，目前查阅文献是没有找到相关的，所以看看能不能从信息学入手~！

大工-阿里巴巴 发表于 2013-7-3 21:48:59

阿里啊，我是生物学出身的，所以化学的东西看起来有点费劲啊，我就是要做个异构体的转换，从L变为R，但是如 ...
汗~难度有点大啊~你确定这样的反应有酶催化的先例不？就是类似的底物？

syjohn 发表于 2013-7-3 20:32:00

错了是从s构型到R构型，类似这种转换的酶很多，但是针对于我的体系估计目前还没有，哈哈，看样子难度真不小啊，那也只能好好找找了~！
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