计算辅助蛋白定向进化-网络服务器，软件与数据库
计算辅助蛋白定向进化-网络服务器，软件与数据库Computer-aided protein directed evolution: a review of web servers, databases and the other computational tools for protein engineering 推荐理由：虽然发在了一个连SCI都不是的英文期刊上，但是我觉得对于大家寻找有用的计算资源是非常必须的，蛋白的定向进化和定点突变是改造蛋白，使其的特性如底物特异性，热稳定性，底物广谱性能发生你所期待的改变的重要手段。那么如何寻找重要的氨基酸位点，就是一个长期以来困扰研究者的问题了。计算模拟手段可以从蛋白质的结构入手，通过特定的算法，计算出你所需要的比较参数，从而指导后续分子生物学实验的开展。因此，这篇文章总结了多种常用的计算资源。希望借该期刊，让大家了解计算模拟对于蛋白定向进化和定点突变的指导价值具体内容作者将计算机辅助蛋白定向进化(CAPDE)方法分成了4个主要的部分：1.通过统计分析对突变形成的文库多样性进行评估代表软件：PEDEL-AA, MAP2.03D, GLUE-IT以及Toplib本人注：这四个软件本人都没有用过，因为暂时实验上还不涉及定向进化的东西，但是根据本人的知识水平，觉得这些软件都是去评估你构建的随机突变文库是不是覆盖了尽可能多样性的序列空间，从而达到在尽可能小的文库水平下筛选得到目标基因序列。2.利用进化信息来构建文库代表软件：HotSpot wizard，PMD等这部分作者认为存在两种类型的软件，一种是基于文献构建的数据库，这种个人感觉可能只适合研究很热门的这种蛋白。另一种是基于已报道的同源序列的保守序列来给予你突变的提示的，比如Hotspot wizard.这个软件俺用过，是通过同源序列的比对，找到突变率比较高的位点，在这样的位点进行突变，蛋白表达的可能性能大很多。同时，该软件还兼具预测底物通道的功能，对通道入口残基和最狭窄地方的残基进行突变，将有可能对底物催化的活性产生重要影响。3.基于结构的文库构建作者将这类软件分成了几个部分比如有关注配体结合位点的，蛋白相互作用的，残基的位置与稳定性的，蛋白表面和界面的以及蛋白柔性的。通过这些软件，设计者可以有针对性的了解残基突变对于蛋白特定区域或特定功能的潜在影响4.突变体效应预测这类软件目前还是集中于对蛋白质稳定性的影响预测，比如I-MUTANT 2.0。这类软件主要是计算突变特定位点后蛋白质的能量变化，从而去判别这一突变是否会影响蛋白质的稳定性。个人觉得还是有待进一步发展的。具体的内容大家可以进一步阅读文献加以了解。有问题跟帖交流！static/image/filetype/pdf.gif
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，支持一下 阿里好及时啊~ 阿里知识真是渊博，佩服。只用过GLUE-IT，突变的时候在保证覆盖率的情况下确定挑斑数目还是有用的 还没来得及看文献，先提问个问题。之前听过几次报告都提到了hotspot.wizard，他分析出的位点是根据什么找到的呢？突变后蛋白哪方面的性能会有改善呢？ 还没来得及看文献，先提问个问题。之前听过几次报告都提到了hotspot.wizard，他分析出的位点是根据什么找到 ...
他分析的hotspot取决于两个方面，其一是根据同源序列该位点的残基保守性进行估计，如果特定位点A在50个家族成员中出现了多种氨基酸，就表明在这个位点残基替换的耐受性比较高，同时也有可能是潜在的决定底物特异性或底物活性的位点。其二是根据底物通道进行判别，这个主要是利用特定的探针去探索蛋白质结构内部的空间大小，找到一条或者若干条进入活性位点的通道。那么位于这些通道的入口以及最狭窄的地方的残基自然也是hotspot了~突变完后最优可能变化的是蛋白的催化活性与底物选择性 阿里好及时啊~
谢谢小草妹妹捧场~欢迎多多交流！哈哈 他分析的hotspot取决于两个方面，其一是根据同源序列该位点的残基保守性进行估计，如果特定位点A在50个家 ...
受教了，谢谢
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适用，受教了。。。作为一个酶学研究者，进论坛晚了。。。。
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