新手帖-autodock/vina/PyRx
之前一直在看别人发的帖子，赶脚自己也应该发一个。我是今年5月份才开始接触分子对接的，可以说是从零开始。期间用过DS，Sybyl，最近又开始接触MOE，autodock，vina以及PyRx。由于AUTODOCK是所有文献中引用次数最多的（约30%），而且也是公认对接结果最准确的。所以我就简单讲讲我在autodock，vina学习过程中的一些问题，抛砖引玉！共同学习，共同进步！autodock：安装貌似很麻烦，但是网上都有很多详细的步骤，一步一步来，肯定没问题。在使用过程中，建议大家新建一个文件夹，把autodock.exe, autogrid.exe,以及vina.exe 以及所有对接需要用到的文件都放在这个文件夹，燃用用ADT把该文件夹设置为默认工作路径，这样一来是方便查找对接结果，二来在运行程序的时候也不容易出错。之后就是受体和配体pdbqt文件的准备了，刚开始建议大家一步一步安装教程的方法准备对接文件，如果是虚拟筛选的文件，下面在PyRx里会介绍，用一个第三方软件实现批量转换。文件都准备好了，以及grid box 的参数都设置好了，就运行autogrid，然后设置对接参数，运行autodock，这时候，如果再ADT里直接运行，很可能会报错，说不能创建dlg文件，这时候你就需要在cmd里通过命令来运行autodock了。方法如下，打开cmd，通过命令找到你的autodock.EXE所在路径（就是自己创建的那个工作文件夹），以我的为例，我的文件都放在H盘的dock文件夹下，通过cd h:\dock 找到工作路径，然后再输入autodock4 -p XX.dpf -l xx.dlg & 回车运行 就ok了，其中XX表示的是dpf和dlg文件的文件名。运行成功后会在cmd里显示。然后用ADT打开dlg文件，分析对接结果就OKAY了。
vina：有文献认为vina是比autodock对接更准确的软件，而且运行速度超快的。如果是新手，我建议大家用vina，容易上手。安装好了后，把vina.exe拷到上面讲的工作文件夹目录中，用ADT准备好对接文件，然后在新建一个conf.txt 的文件，内容包括如下：receptor = 受体名.pdbqt ligand = 配体名.pdbqt center_x = 一个具体的数（grid box的中心），center_y =XX, center_z = xx size_x = xx size_y = xx size_z = xx .(这些数都是在adt中准备gridbox时设置的，把相应数据填入就行), 然后还是用cmd命令来运行vina。以我的工作目录为例先找到工作路径 cd h:\dock, 然后输入 vina --config conf.txt --log log.txt回车运行就OK了，运行完了后你会看到工作文件中多了一个受体名_out.pdbqt的文件，用adt或者pymol分析对接结果就好。
PyRx：这是一个用autodock，vina做虚拟筛选的图形化工具，个人觉得很不多，但是也有一些不足之处。我看网上说autodock只能在远程服务器上运行，而不能再本地上运行。我认为是可以的，只需要把autodock和autogrid的路径设置好也一样可以再本地机上运行，方法很简单，打开Edit-preferences 设置里面的autodock和autogrid的路径就好了。然后问他就是怎么批量转换pdbqt的文件了，首先说一个有缺陷的，就是在PyRx里有一个 open babel工作界面，可以打开sdf等多种文件格式的配体文件，打开后还可以对这些文件做最小化处理，然后在工作界面中点右键，选择convert all to autodock ligand (pdbqt)即可。但是，用这种方法转换得到的配体文件往往会出错，特别是对杂芳环上的N原则，本来N上市没有氢原子的，但是转换完了后，基本上所有杂芳环上的氮原子都加上了氢原子，这显然是不合理的。怎么办呢，脚本语言，不会的。用另外一个工具raccoon，打开包含多个配体分子的mol2文件，即可自动得到所有的配体文件pdbqt，然后把这些文件拷贝靠pyrx工作路径的ligands文件夹中即可，这样得到的配体文件基本上市没错的（至少目前为止我没有发现）。受体文件就一个，大家还是乖乖的在ADT里准备把，然后就可以开始虚拟筛选了。
对于虚拟筛选结果的分析，之前论坛里又说用DS可视化软件分析的，很不错，我自己也采用这种方式。在用pyrx虚拟筛选完了后，有一个问题，怎么把所有的化合物结构都导出成一个sdf文件，目前我没有找到合适的方法，告诉大家一个苯方法，还是用一个第三方软件 openbabel，可以把所有对接结果的pdbqt文件转换保护所有分子所有对接构象的一个sdf文件，然后用ds分析结果。
好了，先说这么多，后面的继续。觉得对新手有帮助的顶一个，在跟版主申请下能不能加精，哈哈！
Now， Let‘s DOCK! HAPPY DOCKING!
楼主，你的头像是MDM2蛋白和小分子吗？看起来好像呀！
谢谢楼主解决了我的问题！ 呵呵 不错！支持这样的分享，对新手来说是很重要的！但文章中的错别字还是要少点{:soso_e120:} 川大-灰太狼 发表于 2012-11-3 14:34 static/image/common/back.gif
呵呵 不错！支持这样的分享，对新手来说是很重要的！但文章中的错别字还是要少点 ...
一个一个敲的:$！这能说明是原创，而不是复制粘贴哦！:lol 哈哈！嗯是的，不过也有copy错的：） 也是哈，有错别字被人抄袭后也有错别字，那么就更好玩了！ 好吧！:L！不过因为残缺，所以完美哦。我也不打算再改了！ hinry_jay 发表于 2012-11-3 14:46 static/image/common/back.gif
好吧！！不过因为残缺，所以完美哦。我也不打算再改了！
最近正好在学习autodock vina,感谢分享。同时也遇到了这样的问题。
进入安装目录下，如
F:\ruanjian\vina>vina --config conf.txt --log log.txt
'vina' 不是内部和外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件。
出现这样错误的原因是什么呢？ LZ, autogrid.exe在什么地方下?我怎么找不到. 1460062688 发表于 2012-11-9 21:45 static/image/common/back.gif
最近正好在学习autodock vina,感谢分享。同时也遇到了这样的问题。
进入安装目录下，如
F:\ruanjian\vina ...
你把vina.exe 拷贝到c:\windows\system32 试一下 植生所-Joemin 发表于 2012-11-10 10:01 static/image/common/back.gif
LZ, autogrid.exe在什么地方下?我怎么找不到.
你安装完autodock后，就会有autogrid.exe的文件啊 raccoon 也可以用于处理蛋白吗？会有错误的情况吗？谢谢