中国心 发表于 2012-11-2 11:03:59

autodock安装问题,纠结中,求教

我的安装步骤是按下边的来的。
1.到www.cygwin.com上下载cygwin.exe,此文件只有572kb;
2.下一步选择install from internet或者download without installing;
3.默认下一步,下载网站时选择http://mirrors.kernel.org这个;
4.select packages这一步关键,将devel, editor, graphies, shells, x11这几项的“default”点击为“install”;

在这一步中,我下载安装了一晚上才下了60%就走不动了,不知道为什么会这样,求教!

此外,我想安装一个vina版本的,是不是只安一个autodock_vina_1_1_2_win32.msi就可以了,那个程序很小,安装了,很快,也没有显示在哪里。各种问题呀!

川大-灰太狼 发表于 2012-11-2 11:26:01

首先,如果你以后要进步一深入学习分子对接,分子动力学等相关计算,那么推荐你使用Linux系统!
其次,AutoDock分子对接软件实际上是包含两个部分:一部分是AutoDockTools(ADT)用于对接前的准备,第二部分是运行程序Autogrid和Autodock两个小的执行程序。
现在win版的Autodock不需要安装Cygwin,直接可以安装ADT,然后执行Autogrid和Autodock。
另外一种方法就是在win上安装一个Linux虚拟机,在虚拟的Linux平台下安装ADT然后运行Autogrid和Autodock两个小的执行程序。

大工大-Chemoinf 发表于 2012-11-2 16:59:01

我也是最新安装的autodock。最新autodock4在windwos中不需要cygwin,安装好mglTool之后(也要安装python25),在这里面对配体和受体进行处理。然后再windows的类dos窗口输入 autogrid4 加上参数,autodock4加上参数运行就可以了。

最好把autogrid和autodock设置环境变量。

中国心 发表于 2012-11-2 22:37:18

大工大-Chemoinf 发表于 2012-11-2 16:59 static/image/common/back.gif
我也是最新安装的autodock。最新autodock4在windwos中不需要cygwin,安装好mglTool之后(也要安装python25 ...

好的,我试试,谢谢:)

seagoing 发表于 2012-11-3 11:56:58

"我也是最新安装的autodock。最新autodock4在windwos中不需要cygwin,安装好mglTool之后(也要安装python25),在这里面对配体和受体进行处理。然后再windows的类dos窗口输入 autogrid4 加上参数,autodock4加上参数运行就可以了。
最好把autogrid和autodock设置环境变量。"
这种设置环境变量的办法,autodock4在windows系统中运行速度如何(与在Linux系统中运行速度相比)?

川大-灰太狼 发表于 2012-11-3 14:27:13

seagoing 发表于 2012-11-3 11:56 static/image/common/back.gif
"我也是最新安装的autodock。最新autodock4在windwos中不需要cygwin,安装好mglTool之后(也要安装python25 ...

AD在Win系统中比Linux中慢得太多,不是一个重量级的:)

大工大-Chemoinf 发表于 2012-11-3 19:12:56

seagoing 发表于 2012-11-3 11:56 static/image/common/back.gif
"我也是最新安装的autodock。最新autodock4在windwos中不需要cygwin,安装好mglTool之后(也要安装python25 ...

我实验的时候,特别慢!

植生所-Joemin 发表于 2012-11-6 08:15:51

autogrid4,exe我怎么办找不到,在什么地方下这个?

小草 发表于 2012-11-16 10:03:23

植生所-Joemin 发表于 2012-11-6 08:15 static/image/common/back.gif
autogrid4,exe我怎么办找不到,在什么地方下这个?

去官网下载的时候可以把Autogrid.exe文件和Autodock.exe文件都下下来
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