zhangmao511 发表于 2014-6-19 16:47:04

Gromacs如何输出第0帧和最后一帧的pdb文件？？

请问，在Gromacs里，如何输出第0帧和最后一帧的pdb文件啊？？也就是说，模拟完之后，我想按帧输出PDB文件，不知道可以吗，命令是什么呢？？
谢谢！！

jianchen7882 发表于 2014-6-20 08:01:38

是不是这个工具g_rmsf，用来输出结构

未央尊 发表于 2014-6-20 09:03:58

g_rmsf_mpi -f md.trr -s md.tpr -b 10000 -e 10000 -res -o PPL-335-rmsf.xvg -oq rmsf.pdb

未央尊 发表于 2014-6-20 09:13:00

补充说明下，第一帧的pdb你已经有了，要输出，时间卡点就行，可能有的不需要加上    _mpi，自己试试把

zhangmao511 发表于 2014-6-21 19:06:45

未央尊 发表于 2014-6-20 09:13 static/image/common/back.gif
补充说明下，第一帧的pdb你已经有了，要输出，时间卡点就行，可能有的不需要加上    _mpi，自己试试把 ...

你说的“第一帧的pdb你已经有了”，指的是我做分子模拟最开始做输入的原始PDB文件吗（我是从PDB网站上DOWN下来的）？或者说是第0帧？
还有就是，你说的“时间卡点就行”，时间卡点是什么意思啊？不太懂，谢谢。。

zhangmao511 发表于 2014-6-21 19:06:55

未央尊 发表于 2014-6-20 09:13 static/image/common/back.gif
补充说明下，第一帧的pdb你已经有了，要输出，时间卡点就行，可能有的不需要加上    _mpi，自己试试把 ...

你说的“第一帧的pdb你已经有了”，指的是我做分子模拟最开始做输入的原始PDB文件吗（我是从PDB网站上DOWN下来的）？或者说是第0帧？
还有就是，你说的“时间卡点就行”，时间卡点是什么意思啊？不太懂，谢谢。。

zhangmao511 发表于 2014-6-21 23:52:50

未央尊 发表于 2014-6-20 09:03 static/image/common/back.gif
g_rmsf_mpi -f md.trr -s md.tpr -b 10000 -e 10000 -res -o PPL-335-rmsf.xvg -oq rmsf.pdb

我模拟的时间是20ns，我按照你说的命令做了，“g_rmsf_mpi -f md.trr -s md.tpr -b 20000 -e 20000 -res -o PPL-335-rmsf.xvg -oq rmsf.pdb”，可是这个PDB结构，和我原始的PDB结构一模一样，都没变啊。而且，我把-b和-e分别换成9999和其他的数字，结果输出的PDB结构，都是一样的，这个是怎么回事啊？？谢谢

未央尊 发表于 2014-6-23 08:53:41

时间卡点意思是具体到某个时间点，这个优化么？只要没出错，有时有点变化也未必看出来，你可以把两个pdb文件在打开时pymol，看看有没有变化

whl2dxl 发表于 2014-6-26 11:08:43

试试 trjconv这个命令-f   **.trr(or **.xtc)   -s **.tpr   -b 10-e 10   -o **.pdb这是取第10帧的结构 其他类似

不经意间的呐喊 发表于 2014-6-26 21:28:56

trjconv这个命令很方便。trjconv -h看看用法
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