zhangmao511 发表于 2014-6-17 20:04:20

Gromacs模拟后，有一些残基飞出去了？？求助！！

今天早上刚跑完一个蛋白，在看vedio的过程中，发现在播放的过程中，有些氨基酸尽然飞出去了（不知道是不是飞到盒子边上去了）。想问一下大侠们，出现这样的情况正常吗？？还是说我模拟的步骤中哪一步有问题，不知道有人碰到过这样的吗？？



大工-阿里巴巴 发表于 2014-6-17 21:02:39

这是周期性边界导致的视觉问题~不是真正的飞出去了。。。。可以对GROMACS的结果轨迹进行处理，把蛋白放在体系的中间就好了

zhangmao511 发表于 2014-6-17 22:24:22

你是指用trjconv的-pbc mol 还是 -nojump ？？？

fireflying 发表于 2014-6-18 16:24:10

trjconv *** -pbc whole -center

kkshaxqd 发表于 2014-6-30 10:36:42

重聚一下，trjconv -f xx.trr -o new.trr -s pr.gro -pbc -nojump -center然后选择系统，蛋白质就行。
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