zhangmao511 发表于 2014-6-16 15:58:23

请问我这个体系是否需要进行自由能的计算？？？

请教一下，我现在有这样一个体系，想知道是否需要进行自由能的计算？？
一个蛋白A，把蛋白A上某个位点的氨基酸突变后成了蛋白B，分别对蛋白A和B进行分子动力学模拟，用的Gromacs，模拟了20ns，用spc水分子做的溶液。想看一下蛋白A和蛋白B（其实就是突变前后）结构上的变化。很简单一个体系，我刚接触分子模拟这一块，弱弱的问一下，这个体系模拟完后的后续分析，有必要进行自由能的计算吗？？或者说，我这个体系适合做自由能的计算吗？？
感谢！！！

大工-阿里巴巴 发表于 2014-6-17 21:04:35

单个残基突变对蛋白质本身折叠能的影响用很多在线服务器或者软件就可以实现了~比如I-MUTANT或者FoldX，如果要看对整体构象的影响确实应该做MD,但是分析重点不在于整体能量的变化，而在于突变前后体系蛋白本身的结构特性，比如不同残基的RMSF变化等等

zhangmao511 发表于 2014-6-17 22:22:55

感谢，你的回复让我茅塞顿开。。。！！
对蛋白分子与配体小分子的结合的MD，就更倾向于算结合自由能了，是吗？？？

大工-阿里巴巴 发表于 2014-6-18 20:54:59

zhangmao511 发表于 2014-6-17 22:22 static/image/common/back.gif
感谢，你的回复让我茅塞顿开。。。！！
对蛋白分子与配体小分子的结合的MD，就更倾向于算结合自由能了，是 ...

是的~哈哈，结合能就比较重要了~但是单个分子的结合能不具有参考价值，比较一系列配体和蛋白的结合能，可以去说明一些实验上的特性
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