zhangmao511 发表于 2014-6-13 23:12:05

Gromacs关于能量最小化的问题!!!

我在能量最小化的过程中先用最速下降法，再用共轭梯度法进行进一步的收敛。然后，再进行位置限制性模拟。
我不知道我写的命令步骤细节对不对，是否有错，传上来让大虾们帮忙看看，感谢！！

先用最速下降法：
grompp_mpi -fminim.mdp -cpsbo_solvent_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
mpirun -np 120 mdrun_mpi -v -deffnm em

再用上面生成的em.gro做为输入，进行共轭梯度法：
grompp_mpi -f minim_cg.mdp -cem.gro -p topol.top -o em_cg.tpr
mpirun -np 120 mdrun_mpi -v -deffnm em_cg

再用上面生成的em_cg.gro做为输入，进行位置限制性模拟
grompp_mpi -f pr.mdp -c em_cg.gro -p topol.top -o em_pr.tpr
mpirun -np 120 mdrun_mpi -v -deffnm em_pr

shaohua2011 发表于 2014-6-14 14:20:12

最陡下降法和共轭梯度法能量最小化可以一步完成，在参数文件里加入nstcgsteep，比如
nsteps = 4000//总步数为4000
nstcgsteep = 1000//前3000步sd，后1000步cg。
可以查查教程。

zhangmao511 发表于 2014-6-14 18:58:15

本帖最后由 zhangmao511 于 2014-6-14 19:11 编辑

你指的教程是gromacs的manul 吗？
还有，如果一步完成的话，那么integrator怎么设置呢，steep or cg？？
再就是，一步完成和分二步完成，有什么差别吗？？
谢谢！！！

请问教程，是哪一节有讲到啊？？
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